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OpenMP 強制執行創建任務的順序

[英]OpenMP enforce the order in which tasks are created

我是 OpenMP 的新手，認為我的用例並不簡單——因此尋找方法上的指示。 有沒有辦法強制執行任務，以便它們在 OpenMP 中生成？ 我想達到的效果如下我的數據是一個包含序列號和傳感器 ID 的數據包。 必須為每個傳感器 ID 維護序列號的順序，但不同的傳感器 ID 可以並行執行。 在偽代碼中 - ...

如何在 slurm 中使用不同的數據在不同的節點中運行 a.sh？

[英]How to run a .sh in different nodes using different data in slurm?

我是 Slurm 的初學者，我需要一些幫助來解決以下問題。 我制作了 a.sh，其中，最初，一個 matlab 腳本創建了兩個 arrays（基於參數 i 的值）。 然后，那些 arrays 被 Fortran 程序使用，計算其他 arrays 的數量。 我希望針對 i 的 10 個不同值（在 1 ...

如何在SLURM中分配memory？

[英]How to allocate memory in SLURM?

我是 Slurm 的新手。 下面，我要執行一個 Python 文件，它需要 92.3GiB。 我分配了 120GB，但我的代碼仍然返回 memory 錯誤。 submit_venv.sh 使用./submit_venv.sh運行腳本追溯： ...

如何最好地管理安裝在集中但自定義位置的 HPC 環境中的多個版本 Perl？

[英]How to best manage the multiple versions of Perl on HPC environment which are installed in a centralized, yet customized locations?

在高性能計算/集群計算環境中，大多數應用程序通常作為“模塊”安裝在定制的集中存儲庫中，而且大多數情況下，許多不同版本的軟件應用程序可能需要共存。 Perl就是這樣一種常用的通用編程語言。 我想詢問最佳實踐/解決方案，不僅能夠在彼此隔離的設置中安裝多個 Perl 版本，而且能夠在以后將更多自定義 ...

“jaxDecomp安裝錯誤”運行setup.py，命令執行錯誤#3

[英]"jaxDecomp installation error" Run setup.py，command execution error #3

錯誤信息： CMake CMakeLists.txt:5 (find_package) 錯誤：通過在 CMAKE_MODULE_PATH 中未提供“FindNVHPC.cmake”，此項目已要求 CMake 查找“NVHPC”提供的 package 配置文件，但 CMake 未找到。 無法找到“ ...

將 Numba njit 與 np.array 一起使用

[英]Using Numba njit with np.array

我有兩個 Python 函數，我正在嘗試使用njit它們，因為它們會影響我的程序的性能。 下面是一個 MWE，當我們將@njit(fastmath=True)裝飾器添加到f時，它會重現以下錯誤。 否則它會起作用。 我相信錯誤是因為數組A數據類型為 object。除了g之外，我還可以使用 Numba ...

監控pyspark的`applyInPandas()`的進度

[英]Monitor the progress of pyspark's `applyInPandas()`

在Databricks中，我們使用Python命令 在python_function的子集上運行spark_df 。 該命令運行良好，計算也可擴展到 100+ 個 CPU。 然而，它需要幾個小時才能完成，如果能夠監控計算的進度，那就太好了。 有沒有辦法監控計算的進度？ ...

用於矩陣向量乘法的 mpi 程序的弱縮放

[英]Weak scaling of mpi program for matrix-vector multiplication

我已經編寫了一些使用共軛梯度法求解方程組的 mpi 代碼。 在這種方法中，矩陣向量乘法占用了大部分時間。 作為並行化策略，我在行塊中進行乘法運算，然后在根進程中收集結果。 其余步驟由根進程執行，只要需要執行矩陣向量乘法，根進程就會廣播結果。 代表加速的強縮放曲線很好 但是代表效率的弱縮放曲線非常糟糕 ...

列出 Intel MPI 的所有集體算法

[英]List all the collective algorithm for Intel MPI

如何在英特爾 MPI 中找到可用的廣播集體算法。 在 OpenMPI 的情況下，我們可以列出所有可用的 MPI 集體算法用於廣播使用 對於 Intel MPI，它僅顯示每個集合操作可用的最大預設數（范圍）。 Q) 有沒有什么辦法可以得到 MPI_Bcast 的所有算法。（即使是 ompi_info ...

用於並行執行獨立任務的 Slurm 腳本不起作用

[英]Slurm script for parallel execution of independent tasks not working

我在使用 Slurm 腳本時遇到問題，如下所示： 該腳本應該提交幾個相互獨立且應該並行運行的任務。 但是，將作業提交給調度程序時，任務不會啟動，作業會立即刪除。 日志文件不顯示單個條目。 如果有人能告訴我，這有什么問題，那將不勝感激。 最好的祝福我嘗試在沒有 --exclusive 的情況下運行腳本 ...

共享 HPC 集群環境中的 R tcl 問題

[英]R tcl issue on shared HPC cluster environment

我在讓 R 在我所在機構的共享集群上正常運行時遇到了一些問題，我沒有 root 訪問權限。 有些東西會起作用，但是當我需要安裝包等時它會變得棘手。我試圖解決的當前問題是在嘗試加載插入符號包時出現以下錯誤： 我發現此頁面建議我按如下方式安裝 rlang： 但我得到上面的 tcl 錯誤。 因為我在其他線 ...

使用 NFS 的 SetCap

[英]SetCap with NFS

我正在做一個需要使用 raw_sockets 和原始套接字才能工作的項目需要 CAP_NET_RAW 我們使用了 setcap 並且工作正常，現在可執行文件在 NFS 上，並且不能使用 nw setcap 是他們的解決方法嗎？ 提前致謝我嘗試了 chown root 和 chmod u+s 來增加 ...

有沒有辦法在 Polars 中同時對多個幀執行惰性操作？

[英]Is there a way to perform lazy operations in Polars on multiple frames at the same time?

Polars 中的 Lazy more 和查詢優化是一個很好的工具，可以節省單個數據幀的 memory 分配和 CPU 使用率。 我想知道是否有一種方法可以為多個惰性框架執行此操作： 上面的代碼不會運行，因為LazyFrame沒有實現除法和求反。 然而，我的目標是創建新的result_pdf框架 ...

完成一次模擬后持有作業腳本

[英]Holding job script after completion of one simulation

我在 HPC 上運行多個串行作業。 例如，如果我有 10 個模擬，我在 HPC 上使用 10 個內核，並使用每個內核進行一次模擬。 然而，所有這些模擬的結束時間都不同，一旦一個模擬完成，所有其他模擬也會停止。 我如何保存作業腳本，以便即使完成一個模擬，其他模擬也會繼續運行，簡而言之，作業腳本保留在 ...

2022-12-16 10:01:16   2   16    bash / hpc  
對 slurm 有疑問。 錯誤：“沒有這樣的文件或目錄”

[英]Having issue with slurm. error: "no such file or directory"

我正在嘗試使用 sbatch <script.sh> 運行一個 slurm 腳本。 然而，盡管多次檢查我的路徑變量，我還是收到一個文件未找到的錯誤。 此外，我認為這與我的 go 環境有關，但我也收到“無法導入絕對路徑”錯誤。 我不確定是什么問題。 我附上了我的 slurm 配置文件以及 ...

使用 Snakemake 有條件地選擇 conda 或奇點環境

[英]Conditionally choose conda or singularity environment with Snakemake

我希望這是一個簡單的問題。 我一直在研究 Snakemake 管道，如果管道應該在“離線”模式下運行，我想為其添加一個配置標志。 如果在離線模式下，每條規則應該使用一個奇點容器，而在在線模式下，應該為每條規則構建一個conda環境。 有沒有一種簡單的方法可以在 snakemake 規則中添加實現此目 ...


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