如何在R中制作散點圖/氣泡圖，包括來自兩個矩陣的連續離散變量

Question

我有兩個數據矩陣（這是一個示例）：

矩陣1：基因型（缺少數據）

NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HOM
NA NA HOM HET HET

矩陣2：讀取計數

0 0 1 2 2
0 0 1 2 2
0 0 1 2 2
0 0 1 2 3
0 0 1 2 3

我想在R中創建一個散點圖/氣泡圖，類似於此圖：

Answer 1

這是另一個答案。 它是相似的，但是與Rawr采取的方法有所不同，主要是因為我假設數據是矩陣（而不是數據幀），並使用了另一個繪圖引擎。

library(reshape2)
library(ggplot2)
#combine the data, as we need to be able to count each occurence of combinations
#assumes data are in matrices. converts to dataframe because of different types
mydat <- data.frame(geno=as.vector(geno),
                    readcount=as.vector(readcounts))


#remove missings
mydat <- mydat[!is.na(mydat$geno),]


#aggregate using reshape

plotdata <- dcast(geno+readcount~"count", 
data=mydat, fun.aggregate = length, value.var="readcount")

#plot

p1 <- ggplot(plotdata, aes(x=readcount,y=geno)) +
  geom_point(aes(size=count)) +
  scale_x_continuous(breaks=1:3)+
  theme_bw()
p1