如何在R的X軸上繪制多個列？

Question

我從一組100種最常見於某種生物物質中的基因開始，此列表稱為“ top100”。 使用MERGE，我設法從每個樣本的數據集中獲取了這100種蛋白質中每種蛋白質的計數。 我想繪制每個樣品中每種蛋白質的計數。

因此，基本上，我想要一個顯示例如蛋白質：PKM的圖，而不是每個樣品的圖（在這種情況下為N = 2），而不是在單個圖中對所有100種蛋白質重復此過程。

            row.names   Gene.Symbol     Normalised.count.(B)        Normalised.count.(A)
    1           1           A2M             46.073855                   280.736354
    2           5           ACTN4           0.000000                    10.436296
    3           8           ALDOA           39.354751                   61.574145
    4           9           ANXA1           1.919744                    1.043630
    5           13          ANXA5           8.638848                    0.000000
    6           17          BSG             5.759232                    1.043630
    7           22          CD81            1.919744                    2.087259
    8           23          CD9             2.879616                    4.174518
    9           25          CFL1            5.759232                    10.436296
    10          26          CLIC1           1.919744                    10.436296

這是總數的1/10，因此對於每個基因符號，我都希望繪制兩個經過規范化的計數值，其中

X1 =基因符號y =標准化計數（A）

X2 =基因符號y =標准化計數（B）

到目前為止，這是我整理到最終列表中的內容。

 library("openxlsx") 
 library("dplyr")
 library("ggplot2")
 library('reshape2')
 library('gdata')

 protein_report <- read.xlsx(file.choose(), sheet=1)
 top100 <- read.xlsx(file.choose(), sheet=1)

 norm <- matchcols(protein_report,with = "Norm")
 top <- na.omit(merge(top100, protein_report[c("Gene.names",norm)], by.x="Gene.Symbol",by.y="Gene.names", all.x = T, all.y = F))     

如何繪制這些值？

Answer 1

您可以使用tidyr和collect函數首先將數據重塑為長格式，然后使用ggplot對其進行繪制

library(tidyr)
library(ggplot2)

plotData <- protein_report %>% gather(type,Normalised.count,
                                      Normalised.count.A,Normalised.count.B)

ggplot(plotData,aes(x=Gene.Symbol,y=Normalised.count,color=type) + 
       geom_line()    ## For a line plot