"install.packages 在 knitr 文檔中失敗：“嘗試使用 CRAN 而不設置鏡像”"

Question

使用下面的代碼我得到了我想要的數據，但由於某種原因我無法弄清楚knitr不允許我編譯 PDF 文檔，如下所示：

我的代碼：

install.packages("weatherData")
library(weatherData)
istanbul <- getWeatherForDate("Istanbul",
                              start_date = Sys.Date() - 41, 
                              end_date = Sys.Date())

沒有問題，但我在嘗試編譯 PDF 時收到以下消息：

Quitting from lines 3-31 (ist_weather.spin.Rmd) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: <Anonymous> ... eval -> eval -> install.packages -> grep -> contrib.url
Execution halted

Answer 1

Knitr 生成一個 R 會話，沒有默認的 cran 鏡像，除非你特別要求。 當我們使用 Rstudio 時，我們往往會忘記我們需要為每個 R 會話設置 CRAN，因為它會處理它，但僅用於交互式使用，而不用於 knitr。

您可以嘗試將鏡像指定為install.packages參數：

install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

或者，您可以在.Rprofile設置默認的 CRAN 鏡像。 看到這個答案。

也就是說，通過您可能會多次編譯的 knitr 文檔安裝軟件包並不是一個好主意。 如果需要，您應該假設人們知道如何安裝丟失的軟件包，或者至少在再次安裝之前測試該軟件包是否已安裝

if(!require(weatherData)) install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

Answer 2

您必須在 R 中設置 CRAN 存儲庫。為此，請啟動 R 或 RStudio。 在 R 終端中運行以下代碼。

r = getOption("repos")
r["CRAN"] = "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
install.packages("weatherData")

上面的代碼在 R 中定義了 CRAN 存儲庫，在接下來的包安裝中無需再次定義。

另一種方法是簡單地運行install.packages("weatherData", repos="http://cran.us.r-project.org") 。 但是，在第二種解決方案中，未設置存儲庫，您必須在每個軟件包安裝中將其作為參數傳遞。

Answer 3

誠實地，

它對我不起作用，因為我安裝了軟件包，而這些代碼行中斷了 knit 功能。 當我刪除所有包含安裝包的行（並使用最新的 R 和 R Markdown 可用）時，此錯誤消失了。

Answer 4

Ramin Ar 的解決方案對我有用。

基本上，將包安裝在 R 控制台中，而不是 R 降價。