"install.packages 在 knitr 文档中失败：“尝试使用 CRAN 而不设置镜像”"

Question

使用下面的代码我得到了我想要的数据，但由于某种原因我无法弄清楚knitr不允许我编译 PDF 文档，如下所示：

我的代码：

install.packages("weatherData")
library(weatherData)
istanbul <- getWeatherForDate("Istanbul",
                              start_date = Sys.Date() - 41, 
                              end_date = Sys.Date())

没有问题，但我在尝试编译 PDF 时收到以下消息：

Quitting from lines 3-31 (ist_weather.spin.Rmd) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: <Anonymous> ... eval -> eval -> install.packages -> grep -> contrib.url
Execution halted

Answer 1

Knitr 生成一个 R 会话，没有默认的 cran 镜像，除非你特别要求。 当我们使用 Rstudio 时，我们往往会忘记我们需要为每个 R 会话设置 CRAN，因为它会处理它，但仅用于交互式使用，而不用于 knitr。

您可以尝试将镜像指定为install.packages参数：

install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

或者，您可以在.Rprofile设置默认的 CRAN 镜像。 看到这个答案。

也就是说，通过您可能会多次编译的 knitr 文档安装软件包并不是一个好主意。 如果需要，您应该假设人们知道如何安装丢失的软件包，或者至少在再次安装之前测试该软件包是否已安装

if(!require(weatherData)) install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

Answer 2

您必须在 R 中设置 CRAN 存储库。为此，请启动 R 或 RStudio。 在 R 终端中运行以下代码。

r = getOption("repos")
r["CRAN"] = "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
install.packages("weatherData")

上面的代码在 R 中定义了 CRAN 存储库，在接下来的包安装中无需再次定义。

另一种方法是简单地运行install.packages("weatherData", repos="http://cran.us.r-project.org") 。 但是，在第二种解决方案中，未设置存储库，您必须在每个软件包安装中将其作为参数传递。

Answer 3

诚实地，

它对我不起作用，因为我安装了软件包，而这些代码行中断了 knit 功能。 当我删除所有包含安装包的行（并使用最新的 R 和 R Markdown 可用）时，此错误消失了。

Answer 4

Ramin Ar 的解决方案对我有用。

基本上，将包安装在 R 控制台中，而不是 R 降价。