R在加載包時要求未知的依賴關系

Question

我是包“ rase” （鏈接）的維護者。

自2015年11月9日起，程序包可以毫無問題地加載后，我再也沒有更改代碼。 但是，我在加載程序包時收到有關以下問題的電子郵件：

> library(rase)
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  there is no package called ‘Biostrings’
Error: package or namespace load failed for ‘rase’

然后，我嘗試在自己的計算機上執行此操作，並且收到了相同的消息。 從我上次成功加載軟件包的時間（2015年11月）到現在，我將R升級到了3.2.3。 天真的，我重新安裝了v3.2.2，但出現了相同的錯誤。 我已經徹底檢查了rase代碼（此處為git） ，但未進行任何更改，也沒有對“ Biostrings”（或其中的任何函數）的任何引用。 “ Rase”依賴性和導入不包括“ Biostrings”。

我不知道為什么會發生任何幫助（我是創建軟件包的新手），將不勝感激。 我想我可以安裝“ Biostrings”，但是我不想做一個看似不必要的依賴。

這是我的sessionInfo：

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)    
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.2 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ape_3.4          data.table_1.9.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] quadprog_1.5-5          lattice_0.20-33         mvtnorm_1.0-3           msm_1.6                
 [5] MASS_7.3-43             chron_2.3-47            grid_3.2.2              nnls_1.4               
 [9] nlme_3.1-121            magrittr_1.5            Matrix_1.2-2            splines_3.2.2          
[13] tools_3.2.2             igraph_1.0.1            maps_3.0.2              parallel_3.2.2         
[17] numDeriv_2014.2-1       survival_2.38-3         mnormt_1.5-3            clusterGeneration_1.3.4
[21] animation_2.4           expm_0.999-0         

Answer 1

Biostrings是一個BioConductor軟件包，您可以按照此頁面上的說明進行安裝：

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings")

如果將BioC添加為系統上的已知存儲庫，則也可以通過install.packages()進行安裝。 例如，這樣做

r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://cran.rstudio.com"
r["BioCsoft"] <- "http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc"
options(repos = r)

在您的.Rprofile或Rprofile.site 。