R在加载包时要求未知的依赖关系

Question

我是包“ rase” （链接）的维护者。

自2015年11月9日起，程序包可以毫无问题地加载后，我再也没有更改代码。 但是，我在加载程序包时收到有关以下问题的电子邮件：

> library(rase)
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  there is no package called ‘Biostrings’
Error: package or namespace load failed for ‘rase’

然后，我尝试在自己的计算机上执行此操作，并且收到了相同的消息。 从我上次成功加载软件包的时间（2015年11月）到现在，我将R升级到了3.2.3。 天真的，我重新安装了v3.2.2，但出现了相同的错误。 我已经彻底检查了rase代码（此处为git） ，但未进行任何更改，也没有对“ Biostrings”（或其中的任何函数）的任何引用。 “ Rase”依赖性和导入不包括“ Biostrings”。

我不知道为什么会发生任何帮助（我是创建软件包的新手），将不胜感激。 我想我可以安装“ Biostrings”，但是我不想做一个看似不必要的依赖。

这是我的sessionInfo：

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)    
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.2 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ape_3.4          data.table_1.9.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] quadprog_1.5-5          lattice_0.20-33         mvtnorm_1.0-3           msm_1.6                
 [5] MASS_7.3-43             chron_2.3-47            grid_3.2.2              nnls_1.4               
 [9] nlme_3.1-121            magrittr_1.5            Matrix_1.2-2            splines_3.2.2          
[13] tools_3.2.2             igraph_1.0.1            maps_3.0.2              parallel_3.2.2         
[17] numDeriv_2014.2-1       survival_2.38-3         mnormt_1.5-3            clusterGeneration_1.3.4
[21] animation_2.4           expm_0.999-0         

Answer 1

Biostrings是一个BioConductor软件包，您可以按照此页面上的说明进行安装：

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings")

如果将BioC添加为系统上的已知存储库，则也可以通过install.packages()进行安装。 例如，这样做

r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://cran.rstudio.com"
r["BioCsoft"] <- "http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc"
options(repos = r)

在您的.Rprofile或Rprofile.site 。