從linux shell腳本調用Rscript

Question

任何人都可以建議我如何讓這個工作....

我有一個R腳本需要幾分鍾才能運行並寫入幾百行輸出。 我想在這個R腳本周圍寫一個shell腳本包裝器，它將在后台啟動R腳本，將其輸出傳遞給一個文件並開始跟隨該文件的底部。 如果用戶然后輸入CTRL-C我想要它殺死shell腳本和tail命令但不是R腳本。 聽起來很簡單吧？

我在下面制作了一個簡化示例，但我不明白為什么這不起作用。 每當我殺死shell腳本時，盡管R腳本顯然在后台運行，但它也會被殺死。 我試過nohup，disown等沒有成功。

example.R

for(i in 1:1000){
   Sys.sleep(1)
   print(i)
}

wrapper.sh

#!/bin/bash

Rscript example.R > logfile &

tail -f logfile

提前致謝！

Answer 1

以下似乎適用於我的Ubuntu機器：

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail -f logfile.txt

---

以下是將SIGINT發送到wrapper.sh之前的一些相關過程：

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8519 pts/4    00:00:00 wrapper.sh
 8520 ?        00:00:00 R
 8521 pts/4    00:00:00 tail

在Ctrl+C ，您可以看到R仍然在運行，但是wrapper.sh和tail已被殺死：

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8520 ?        00:00:00 R

---

雖然使用&附加您的Rscript [...]命令將其發送到后台，但它仍然是同一進程組的一部分 ，因此也接收SIGINT 。

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我不確定這是不是你的意圖，但是因為你正在調用tail -f ，如果沒有用Ctrl+c中斷，運行wrapper.sh shell將在R進程完成后繼續掛起。 如果你想避免這種情況，以下應該可行，

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail --pid="$!" -f logfile.txt

"$!" 是執行的最后一個后台進程的進程ID（ Rscript [...]調用）。