在 Windows 中從命令/matlab 調用 Rscript 時出錯

Question

我有一個用 R 編寫的腳本並測試它運行良好。 代碼如下：

setwd("C:/Users/xxx/Desktop/xxx")
rawdata <- read.delim("xxx.txt", check.names = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)
library(edgeR)
y <- DGEList(counts = rawdata[,7:14], genes = rawdata[,1:6])
o <- order(rowSums(y$counts),decreasing=TRUE)
y <- y[o,]
d <- duplicated(y$genes)
y <- y[!d,]
y$samples$lib.size <-colSums(y$counts)
rownames(y$counts) <- rownames(y$genes)
y$genes <-NULL
y <- calcNormFactors(y)
write.table(y$samples, file = "TMM_normalization_factors.txt")

這在 R 中運行時效果很好。但是，從命令行（windows cmd）或 matlab 調用時，它顯示以下錯誤：

Error in is.data.frame(x) : could not find function "getGeneric" 
Calls: order -> rowSums -> is.data.frame 
Execution halted 

我是一名新程序員，對編程的了解非常有限。 有人可以告訴我這段代碼可能有什么問題嗎？ 非常感謝。

更新：剛剛測試，錯誤在

rowSums

命令。 Rscript 似乎無法識別此命令？ 對此有何建議？

Answer 1

正如上面評論中提到的 flodel，代碼在直接從 R 運行而不是在使用 Rscript 運行時工作的原因是因為 Rscript 過去不加載方法包。 因此，解決方案是在腳本頂部加載方法包：

load(methods)

但是，從 R 3.5.0（於 2018 年 4 月 23 日發布）開始，現在默認加載方法包。 來自R 新聞：

如果未使用 --default-packages，則 Rscript 現在檢查環境變量 R_SCRIPT_DEFAULT_PACKAGES。 如果已設置，則它優先於 R_DEFAULT_PACKAGES。 如果沒有在命令行或這些環境變量之一指定默認包，那么 Rscript 現在使用與 R 相同的默認包。 現在，可以通過將環境變量 R_SCRIPT_LEGACY 設置為 yes 來恢復以前不包含方法的行為.