如何使用R中的x，y數據繪制條形圖和誤差條

Question

我有以下格式的數據。

X        ID         Mean       Mean+Error Mean-Error
61322107 cg09959428 0.39158198 0.39733463 0.38582934
61322255 cg17147820 0.30742542 0.31572314 0.29912770
61322742 cg08922201 0.47443355 0.47973039 0.46913671
61322922 cg08360511 0.06614797 0.06750279 0.06479315
61323029 cg00998427 0.05625839 0.05779519 0.05472160
61323113 cg15492820 0.10606674 0.10830587 0.10382761
61323284 cg02950427 0.36187007 0.36727818 0.35646196
61323413 cg01996653 0.35582920 0.36276991 0.34888849
61323667 cg14161454 0.77930230 0.78821970 0.77038491
61324205 cg25149253 0.93585347 0.93948514 0.93222180

我如何繪制帶有列（條）的誤差條圖，請在此處輸入圖像描述

其中 X 軸具有 X 值。 因此，每個條形都將繪制在固定寬度的 X 處。

Answer 1

我會試着回答。 我正在使用一個名為plotly的包。 您可以在此處查看更多詳細信息。

df <- read.csv('test.csv')
colnames(df) <- c("x", "id", "mean", "mean+error", "mean-error")
df$`mean+error` = df$`mean+error` - df$mean
df$`mean-error` = df$mean - df$`mean-error`

library(plotly)

p <- ggplot(df, aes(factor(x), y = mean)) + geom_bar(stat = "identity")
p <- plotly_build(p)

length(p$data)

p$layout$xaxis

plot_ly(df, x = 1:10, y = mean, type = "bar",  
        error_y = list(symmetric = F, 
                       array = df$`mean+error`,
                       arrayminus = df$`mean-error`,
                       type = "data")) %>% 
  layout(xaxis = list(tickmode = "array",tickvals = 1:10,ticktext = df$x))

我明白了：

Answer 2

最流行的方法可能是在ggplot2使用geom_errorbar() 。

library("ggplot2")
ggplot(df, aes(x=ID, y = Mean)) + 
  geom_bar(stat="identity", fill="light blue") +
  geom_errorbar(aes(ymin = Mean.Error, ymax = Mean.Error.1))

其中Mean.Error和Mean.Error.1是當您嘗試將示例作為文本閱讀時得到的均值 +/- 錯誤的標題名稱。