Bash 循環遍歷不同目錄中的文件並打印輸出

Question

我在/mypath/mydir/目錄中有*.vcf 、 *.vcf.vcfidx和*.vcf.idx文件。 我只想使用下面的命令（對於文件 1）遍歷.vcf文件：

一個vcf文件的命令：

vcf-subset -c sample.txt vcffile1.vcf | bgzip  -c > output_vcfile1.vcf_.vcf.gz

有人可以幫助循環所有 .vcf （不是vcf.vcfidx或vcf.idx ）文件並使用上面顯示的命令/get/inthis/dir/指定目錄/get/inthis/dir/每個文件的輸出嗎？

Answer 1

只需使用 glob 模式*.vcf ：

for i in *.vcf; do echo "$i"; done

glob 模式*.vcf將僅匹配以.vcf結尾的文件。

你的命令：

for i in *.vcf; do
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip  -c > /get/inthis/dir/output_"$i"_.vcf.gz
done

---

如果您必須在特定目錄（例如/foo/bar/搜索.vcf文件，請執行以下操作：

for i in /foo/bar/*.vcf; do
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip  -c > /get/inthis/dir/output_"${i##*/}"_.vcf.gz
done