Bash 循环遍历不同目录中的文件并打印输出

Question

我在/mypath/mydir/目录中有*.vcf 、 *.vcf.vcfidx和*.vcf.idx文件。 我只想使用下面的命令（对于文件 1）遍历.vcf文件：

一个vcf文件的命令：

vcf-subset -c sample.txt vcffile1.vcf | bgzip  -c > output_vcfile1.vcf_.vcf.gz

有人可以帮助循环所有 .vcf （不是vcf.vcfidx或vcf.idx ）文件并使用上面显示的命令/get/inthis/dir/指定目录/get/inthis/dir/每个文件的输出吗？

Answer 1

只需使用 glob 模式*.vcf ：

for i in *.vcf; do echo "$i"; done

glob 模式*.vcf将仅匹配以.vcf结尾的文件。

你的命令：

for i in *.vcf; do
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip  -c > /get/inthis/dir/output_"$i"_.vcf.gz
done

---

如果您必须在特定目录（例如/foo/bar/搜索.vcf文件，请执行以下操作：

for i in /foo/bar/*.vcf; do
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip  -c > /get/inthis/dir/output_"${i##*/}"_.vcf.gz
done