給定距離矩陣的分層聚類

Question

給定距離矩陣

d = matrix(c(0,2.5,4.5,2.5,0,3.4,4.5,3.4,0), nrow=3),

如何使用R進行分層聚類？ 運用

hclust(d)

它給了我錯誤

Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") :  missing value where TRUE/FALSE needed.

Answer 1

你需要將它轉換為dist的對象，

d1 = as.dist(d)
hclust(d1)

---

如果你檢查d1

R> str(d1)
Class 'dist'  atomic [1:3] 2.5 4.5 3.4
  ..- attr(*, "Size")= int 3
  ..- attr(*, "call")= language as.dist.default(m = d)
  ..- attr(*, "Diag")= logi FALSE
  ..- attr(*, "Upper")= logi FALSE 

你可以看到R對它存儲的東西很聰明; 它只需要下三角矩陣。