在 windows 上使用帶有 cygwin 的 anaconda 環境

Question

嘗試通過 Windows NT 上的 cygwin 界面使用 anaconda 設置環境，但失敗了。

創建環境（ conda create -n test_env ）工作正常。 但是activate test_env失敗。

我嘗試用以下方法破解它：

export PATH=/cygdrive/c/users/nick/anaconda3/envs/test:$PATH

這修復了一些行為（ which python指向正確的 python）。 但是，如果我執行“conda install”命令，它會安裝到 anaconda 根目錄中，而不是環境中。 也許導出是 bash 會話的本地導出，而 conda 調用了不同版本的 PATH？ 有沒有辦法讓 PATH 的修改成為全局的？

Answer 1

在與這個問題搏斗了一段時間之后，我認為我已經找到了一種合理可行的方法來將 Anaconda 的 python（和相關環境）集成到 Cygwin 中。 假設您讓 Cygwin 和 Anaconda 獨立工作，要從 Cygwin 訪問所有 Anaconda 工具， .bash_profile的以下設置似乎可以解決問題。 （我只包含了與集成相關的.bash_profile那些部分......希望我沒有無意中錯過一些東西。）

這個設置基本上做了三件事。 首先，用戶需要將目錄$CONDA_BASE_DIR顯式設置$CONDA_BASE_DIR /anaconda/miniconda 的基本環境的安裝位置。 其次， .bash_profile有一個功能可以使用 shell 變量$CONDA_DEFAULT_ENV跟蹤當前的 conda 環境。 最后，我們定義別名cyg-conda和函數cyg-activate用作標准conda和activate命令的替換命令。 請注意變量名$CONDA_DEFAULT_ENV是特殊的，由實際的conda命令在內部使用。

使用此設置，我能夠以與通常在 Anaconda 命令提示符下使用conda和activate相同的方式使用cyg-conda和cyg-activate ，同時使環境可用於我的 Cygwin bash shell。

當然願意接受改進建議等。

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#  Anaconda Environment Selection - Plese set CONDA_BASE_DIR to the directory
#  containing the base installation of anaconda/miniconda.

export CONDA_BASE_DIR=/cygdrive/c/Users/Patrick/Miniconda3

#  Proxy Servers & Network Setup (if needed)

export HTTP_PROXY=
export HTTPS_PROXY=

#  IMPORTANT - Ignore carriage returns when using a Cygwin environment.

export SHELLOPTS
set -o igncr

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#  Manage conda environments for Python.  We check the environment variable
#  $CONDA_DEFAULT_ENV to see which environment is desired.  The default (root)
#  environment will be chosen if nothing is specified.  Note that this variable
#  will be explicitly managed by the cyg-activate ( ) function we have defined
#  below, specifically for the purpose of changing environments.  The root
#  environment is also handled slightly different from the others when it comes
#  to setting the CONDA_DEFAULT_ENV variable.

if [ ${CONDA_DEFAULT_ENV} ] && [ ${CONDA_DEFAULT_ENV} != 'root' ] 
then
    #  SELECT ONE OF THE NON-DEFAULT ENVIRONMENTS
    export CONDA_PREFIX=${CONDA_BASE_DIR}/envs/${CONDA_DEFAULT_ENV}
else
    #  SELECT THE DEFAULT ENVIRONMENT (and set CONDA_DEFAULT_ENV full path)
    export CONDA_DEFAULT_ENV=root
    export CONDA_PREFIX=${CONDA_BASE_DIR}
fi

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#  Define cyg-conda and cyg-activate to facilitate management of conda.

alias cyg-conda=${CONDA_BASE_DIR}/Scripts/conda.exe

cyg-activate() {
    export CONDA_DEFAULT_ENV=$1
    source ~/.bash_profile
    cyg-conda info --envs
}

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#  PATH - ALl of the anaconda/miniconda path entries appear first.

PATH=
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX/Library/mingw-w64/bin
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX/Library/usr/bin
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX/Library/bin
PATH=$PATH:$CONDA_PREFIX/Scripts
PATH=$PATH:$HOME/scripts
PATH=$PATH:$HOME/local/bin
PATH=$PATH:/usr/local/bin
PATH=$PATH:/usr/bin

export PATH

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Answer 2

從conda 4.4 開始，cygwin 支持使用以下語法激活和停用命令（鏈接的文檔還提供了將 conda 添加到PATH最佳實踐，值得一試）：

conda activate <name-of-environment-to-activate>
conda deactivate

但是，有一個錯誤會阻止它們開箱即用，即 cygwin 使用的 bash 腳本都具有 Windows 行尾（CRLF）。 要解決此問題，有幾個選項：

1. 將以下內容添加到您的.bash_profile或.bashrc （如@patrickkelly 的答案中的腳本中所做的那樣）：

    if [[ "${OSTYPE}" == 'cygwin' ]]; then set -o igncr export SHELLOPTS fi

2. 使用dos2unix類的工具將相關文件的行尾更改為 Unix 樣式 (LF)。 以下文件位於安裝 conda 的目錄中，必須進行轉換，可能還有其他文件：

   • etc/profile.d/conda.sh
   • Scripts/activate
   • Scripts/deactivate

   
   更新：當 conda 更新自身時，上述文件至少有時會被覆蓋，恢復 CRLF 行結尾，因此在這些情況下必須重復將它們轉換為 LF 的過程。

Answer 3

由於 Cygwin 模擬 linux 環境，我們需要使用“source activate test_env”而不是“activate test_env”。

Answer 4

使用 env conda 激活和 cygwin 的一種方法是：

• 打開cmd：Win+R並寫入cmd
• 激活暢達：暢達激活環境
• 打開cygwin：cygwin（對於這個cygwin必須添加到PATH中）