使用 subprocess 命令調用 R 腳本，但 r 腳本中的 Library() 命令阻止它運行

Question

我創建了一個 R 腳本，我需要從 Python 調用 R 腳本。 R 腳本需要運行一些包，但是每當我運行我的 python 代碼時，我都會收到以下錯誤：

CalledProcessError: Command '['C:/Program Files/R/R-3.2.3/bin/x64/Rscript.exe', 'D:/Abhi/desktop/testing/SCRIPTS/JMOTIF/data-04-13/NewClassificationMethod.R', '51', '9', '20', '20', 'D://Abhi//desktop//testing//SCRIPTS//JMOTIF//data-04-13//PureAgri.csv', 'D://Abhi//desktop//testing//SCRIPTS//JMOTIF//data-04-13//PureForest.csv']' returned non-zero exit status 1 。

如果我注釋掉庫調用，那么我不會出錯並且腳本可以工作。

作為一個小例子，以下代碼將不起作用：

pythonArgs = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
library(plyr)
wSize=  as.numeric(pythonArgs[1]) #as.numeric(pythonArgs[1])#Window Size
paaSize=as.numeric(pythonArgs[2])#Pax approximation size 
cat(wSize, paaSize)

這段代碼雖然有效

pythonArgs = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
#library(plyr)
wSize=  as.numeric(pythonArgs[1]) #as.numeric(pythonArgs[1])#Window Size
paaSize=as.numeric(pythonArgs[2])#Pax approximation size 
cat(wSize, paaSize)

以下是我目前從 Python 調用它的方式：

cmd = [command, path2Script] + args
x = subprocess.check_output(cmd,universal_newlines = True)

Answer 1

考慮使用 Python 的子進程Popen有條件地捕獲子進程的輸出或錯誤，這里是 R 腳本。

from subprocess import Popen, PIPE

cmd = [command, path2Script] + args
p = Popen(cmd, stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)            
output, error = p.communicate()

if p.returncode == 0:            
    print('R OUTPUT:\n {0}'.format(output))            
else:                
    print('R ERROR:\n {0}'.format(error)) 

如果您運行POpen ，則會直接在 Python 控制台中產生一條更具信息性的錯誤消息，提醒您包路徑情況。

R ERROR:
 b"Error in library(plyr) : there is no package called 'plyr'\r\nExecution halted\r\n"