使用 subprocess 命令调用 R 脚本，但 r 脚本中的 Library() 命令阻止它运行

Question

我创建了一个 R 脚本，我需要从 Python 调用 R 脚本。 R 脚本需要运行一些包，但是每当我运行我的 python 代码时，我都会收到以下错误：

CalledProcessError: Command '['C:/Program Files/R/R-3.2.3/bin/x64/Rscript.exe', 'D:/Abhi/desktop/testing/SCRIPTS/JMOTIF/data-04-13/NewClassificationMethod.R', '51', '9', '20', '20', 'D://Abhi//desktop//testing//SCRIPTS//JMOTIF//data-04-13//PureAgri.csv', 'D://Abhi//desktop//testing//SCRIPTS//JMOTIF//data-04-13//PureForest.csv']' returned non-zero exit status 1 。

如果我注释掉库调用，那么我不会出错并且脚本可以工作。

作为一个小例子，以下代码将不起作用：

pythonArgs = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
library(plyr)
wSize=  as.numeric(pythonArgs[1]) #as.numeric(pythonArgs[1])#Window Size
paaSize=as.numeric(pythonArgs[2])#Pax approximation size 
cat(wSize, paaSize)

这段代码虽然有效

pythonArgs = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
#library(plyr)
wSize=  as.numeric(pythonArgs[1]) #as.numeric(pythonArgs[1])#Window Size
paaSize=as.numeric(pythonArgs[2])#Pax approximation size 
cat(wSize, paaSize)

以下是我目前从 Python 调用它的方式：

cmd = [command, path2Script] + args
x = subprocess.check_output(cmd,universal_newlines = True)

Answer 1

考虑使用 Python 的子进程Popen有条件地捕获子进程的输出或错误，这里是 R 脚本。

from subprocess import Popen, PIPE

cmd = [command, path2Script] + args
p = Popen(cmd, stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)            
output, error = p.communicate()

if p.returncode == 0:            
    print('R OUTPUT:\n {0}'.format(output))            
else:                
    print('R ERROR:\n {0}'.format(error)) 

如果您运行POpen ，则会直接在 Python 控制台中产生一条更具信息性的错误消息，提醒您包路径情况。

R ERROR:
 b"Error in library(plyr) : there is no package called 'plyr'\r\nExecution halted\r\n"