如何為 R package 設置本地存儲庫？

Question

我想為 R package 設置本地存儲庫，我希望存儲庫像 sonatype nexus 一樣工作（它可以代理中央存儲庫，並在從中央存儲庫下載工件后緩存工件）。

目前，nexus 不支持 R 存儲庫格式，因此它不適合我需要做的事情。

這是創建此存儲庫的任何現有解決方案嗎？ 我不想創建對我來說太重的 CRAN 鏡像。

Answer 1

首先，您需要確保系統中有以下路徑及其目錄：“/R/src/contrib”。 如果您沒有此路徑和這些目錄，則需要創建它們。 您所有的 R 包文件都將存儲在“contrib”目錄中。

將 package 文件添加到“contrib”目錄后，您可以使用setRepositories工具 ZEFE90A8E604A7C840E88D03A67F6B7DZ 中的setRepositories function 來創建存儲庫。 我建議將以下代碼添加到本地存儲庫的.Rprofile中：

utils::setRepositories(ind = 0, addURLs = c(WORK = "file://<your higher directories>/R"))

ind = 0表示您只想要本地存儲庫。 附加存儲庫可以包含在addURLs =選項中，並在字符向量中以逗號分隔。

接下來，使用以下代碼創建存儲庫索引：

tools::write_PACKAGES("/<your higher directories>/R/src/contrib", verbose = TRUE) 

這將生成用作存儲庫索引的 PACKAGE 文件。

要查看存儲庫中有哪些包，請運行以下代碼並查看生成的數據框： my_packages <- available.packages()

此時，您可以從 repo 安裝包，而無需參考 package 安裝文件的整個路徑。 例如，要安裝dplyr package，您可以運行以下命令：

install.packages("dplyr", dependencies = TRUE)

如果您想更進一步並管理不斷變化的存儲庫，您可以安裝和使用miniCRAN package。 否則，每當您的存儲庫更改時，您都需要執行write_PACKAGES function。

安裝miniCRAN package 后，您可以執行以下代碼來創建miniCRAN 存儲庫：

 my_packages <- available.packages()

 miniCRAN::makeRepo(
  pkgs = my_packages[,1, 
  path = "/<your higher directories>/R",
  repos = getOption("repos"), 
  type = "source",
  Rversion = R.version, 
  download = TRUE, 
  writePACKAGES = TRUE,
  quiet = FALSE
 )

您只需要為每個 repo 執行一次上面的代碼。

然后，檢查以確保已創建每個 miniCRAN 存儲庫。 您只需為每個 repo 執行一次：

 pkgAvail(
  repos = getOption("repos"),
  type = "source",
  Rversion = R.version,
  quiet = FALSE
 )

每當將新的 package 文件放入本地存儲庫時，您可以按如下方式更新本地存儲庫的索引：

miniCRAN::updateRepoIndex("/<your higher directories>/R/")

最后，作為查看新 package 是否在索引中的可選步驟，創建可用包的數據框並搜索數據框：

my_packages <- available.packages(repos = "file://<your higher directories>/R/")

這種方法對我來說效果很好，但也許其他人有可以改進的意見和建議。