沒有將這個 S4 類強制為向量以使用 mclust 的方法

Question

我正在嘗試在.FCS格式文件（流式細胞術格式文件）上使用mclust方法，並將該文件作為 flowFrame 對象讀入 R。

install.packages("openCyto") # since the old version sefaulted my R session
library( openCyto )
library(  flowCore)
library(  mclust)

 trial1=read.FCS("export_Alcina TregMAIT_AV 10-1974 P1_CD4.fcs") 
 a=as.matrix(trial1)

編者注：其中一些是 Bioconductor 軟件包，您應該根據該環境的幫助頁面進行安裝。

但是， mclust不接受 .fcs 文件作為矩陣，我嘗試使用as.matrix函數將其轉換為矩陣，但出現此錯誤：

Error in as.vector(data) :
  no method for coercing this S4 class to a vector

我發現了類似的問題，他們解釋說您必須將importMethodsFrom(S4Vectors,as.matrix)添加到mclust的 NAMESPACE 中，我這樣做了。 我還在 mclust 的 NAMESPACE 中做了importMethodsFrom(BiocGenerics,as.vector) 。 但是，我仍然無法使用mclust 。

PS任何建議或閱讀將不勝感激！

如果有人知道其他使用 GMM 模型的聚類方法可以接受 .FCS 格式而不進行轉換，我會非常高興。

Answer 1

我已經編輯了您的問題，以顯示您最初應該做的事情以及后來沒有做的事情（而不是在評論中包含代碼，您應該在按照具體建議編輯問題時做出回應。）我的回答是基於flowCore::read.FCS中的第一個示例（因為您也沒有包含指向您從磁盤加載的數據集的指針），所以我將指的是運行該代碼的“samp”對象，而不是“trial1”。

“samp”對象現在從class和str返回：

> class(samp)
[1] "flowFrame"
attr(,"package")
[1] "flowCore"
str(samp)
Formal class 'flowFrame' [package "flowCore"] with 3 slots
  ..@ exprs      : num [1:10000, 1:8] 382 628 1023 373 1023 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : NULL
  .. .. ..$ : Named chr [1:8] "FSC-H" "SSC-H" "FL1-H" "FL2-H" ...
  .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr [1:8] "$P1N" "$P2N" "$P3N" "$P4N" ...
  .. ..- attr(*, "ranges")= num [1:8] 1023 1023 10000 10000 10000 ...
  ..@ parameters :Formal class 'AnnotatedDataFrame' [package "Biobase"] with 4 slots
  .. .. ..@ varMetadata      :'data.frame': 5 obs. of  1 variable:
  .. .. .. ..$ labelDescription: chr [1:5] "Name of Parameter" "Description of Parameter" "Range of Parameter" "Minimum Parameter Value after Transforamtion" ...
  .. .. ..@ data             :'data.frame': 8 obs. of  5 variables:
  .. .. .. ..$ name    :Class 'AsIs'  Named chr [1:8] "FSC-H" "SSC-H" "FL1-H" "FL2-H" ...
  .. .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr [1:8] "$P1N" "$P2N" "$P3N" "$P4N" ...
  .. .. .. ..$ desc    :Class 'AsIs'  Named chr [1:8] "FSC-H" "SSC-H" NA NA ...
  .. .. .. .. .. ..- attr(*, "names")= chr [1:8] "$P1S" "$P2S" "$P3S" "$P4S" ...
  .. .. .. ..$ range   : num [1:8] 1024 1024 1024 1024 1024 ...
  .. .. .. ..$ minRange: num [1:8] 0 0 1 1 1 0 1 0
  .. .. .. ..$ maxRange: num [1:8] 1023 1023 10000 10000 10000 ...
  .. .. ..@ dimLabels        : chr [1:2] "rowNames" "columnNames"
  .. .. ..@ .__classVersion__:Formal class 'Versions' [package "Biobase"] with 1 slot
  .. .. .. .. ..@ .Data:List of 1
  .. .. .. .. .. ..$ : int [1:3] 1 1 0
  ..@ description:List of 164
  .. ..$ FCSversion                : chr "2"
  .. ..$ $BYTEORD                  : chr "4,3,2,1"
  .. ..$ $DATATYPE                 : chr "F"
  #----- output truncated -----------

所以“samp”在任何意義上都不是一個矩形對象，而是一個復雜的列表，其中包含許多屬性中的相關信息。 我的猜測是你想要@ exprs節點中的信息，它是一個矩陣。

另一個困難是在 mclust 包中沒有 mamed mclust函數，盡管查看?mclust我們確實看到了一個演示Mclust函數使用的示例。 R 在堅持函數名稱的正確大寫方面是無情的。

Mclust(exprs(samp)[1:100,])
#-----------
'Mclust' model object:
 best model: ellipsoidal, equal orientation (VVE) with 4 components