as.vector中的APCluster錯誤（數據）：沒有用於將此S4類強制轉換為向量的方法

Question

使用非聚集輸入數據框（fci），從apcluster（）創建APResult作為epxected：

> apclr2q02 <- apcluster(negDistMat(r=2), fci)
> show(apclr2q02)

APResult object

Number of samples     =  1045 
Number of iterations  =  826 
Input preference      =  -22.6498 
Sum of similarities   =  -1603.52 
Sum of preferences    =  -1336.338 
Net similarity        =  -2939.858 
Number of clusters    =  59 

在線文檔說，aggExCluster（）可以接受要作為輸入聚類的數據，也可以接受先前的聚類結果（ExClust或APResult）。 在非聚簇數據（fci）上運行aggExCluster，代碼按預期工作：

> aglomr2 <- aggExCluster(negDistMat(r=2), fci)
> aglomr2

AggExResult object

Number of samples          =  1045 
Maximum number of clusters =  1045 

結果可以用樹狀圖繪制，一切都很好; 但是，使用上面獲得的APResult（apclr2q02）作為輸入，將返回以下錯誤：

> aglomr2 <- aggExCluster(negDistMat(r=2), apclr2q02)
Error in as.vector(data) : 
  no method for coercing this S4 class to a vector

有關APResult對象作為輸入可能出錯的建議嗎？

Answer 1

如果要在作為' ExClust '或' APResult '對象給出的先前聚類結果之上使用aggExCluster() ，則需要將這些對象作為參數' x '傳遞，此外，需要提供相似性矩陣。 這是一個基於您的示例的自包含代碼片段（請注意，從apcluster()返回的對象' apres '包括相似性矩陣）：

cl1 <- cbind(rnorm(50,0.2,0.05),rnorm(50,0.8,0.06))
cl2 <- cbind(rnorm(50,0.7,0.08),rnorm(50,0.3,0.05))
x <- rbind(cl1,cl2)

apres <- apcluster(negDistMat(r=2), x, q=0.7)
aggExCluster(x=apres)

如果您從相似性矩陣開始，您可以將其包含在“APResult”對象中，即

sim <- negDistMat(r=2, x)
apres <- apcluster(sim, q=0.7, includeSim=TRUE)
aggExCluster(x=apres)

（如果在相似度矩陣上調用apcluster()則默認情況下矩陣不包含在結果對象中，可以使用“ includeSim=TRUE ”覆蓋該矩陣

或者，您也可以通過參數' s '指定相似性矩陣：

sim <- negDistMat(r=2, x)
apres <- apcluster(sim, q=0.7)
aggExCluster(x=apres, s=sim)

使用相似性函數和' APResult '對象調用aggExCluster()將不起作用，因為' APResult '不包含原始數據，因此aggExCluster()無法計算聚類所需的相似性矩陣。 相反，如果使用參數' s '作為相似函數調用aggExCluster() ，它期望參數' x '包含原始數據，因此將嘗試將其轉換為子表對象。 這就是您收到此錯誤消息的原因。