如何避免打印/顯示消息

Question

之前曾有人問過這個問題，但沒有一個答案對我有用。

我正在使用bioconductor.org中的rhdf5庫讀取HDF5文件：source（“ http://bioconductor.org/biocLite.R ”）; biocLite（ “rhdf5”）; 庫（rhdf5）;

當我使用h5read函數讀取包含引用的特定變量時，將顯示以下警告消息：

“警告：類型'REFERENCE'的h5read尚未實現。將值替換為NA's

（它不會像RStudio中的錯誤和警告一樣以紅色顯示。只是黑色）

警告對我來說還可以，因為我不需要那些引用。 但是我使用此函數讀取數百個變量，因此我的屏幕被這些消息污染了。 例如：

a <-h5read(f, "/#Link2#")
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's
Warning: h5read for type 'REFERENCE' not yet implemented. Values replaced by NA's

我已經嘗試了所有發現的建議（capture.output，抑制消息/警告，接收器，選項（警告，最大打印，show.error.messages）：

1. capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null')
2. 我還嘗試了不可見，以防萬一： invisible(capture.output(a <- h5read(f, "/#Link2#"), file='/dev/null'))
3. suppressWarnings(suppressMessages(a <- h5read(f, "/#Link2#")))
4. 為了防止萬一，我還嘗試了suppressForeignCheck和suppressPackageStartupMessages
5. {sink("/dev/null"); a <-h5read(f, "/#Link2#"); sink()}
6. {options(warn=-1, max.print=1,show.error.messages=FALSE); a <-h5read(f, "/#Link2#") }

它們都繼續產生相同的警告消息。

有誰知道我可以嘗試的其他方法，或者為什么這些方法不起作用？

圖書館如何管理打印所有跳過的消息？ 聽起來我可能做錯了什么...

任何幫助表示贊賞。

作為參考，這些是我使用的其他帖子：

• r：不顯示警告
• 如何在R腳本中全局抑制警告
• 禁止在R中使用“打印”而不是“消息”或“警告”顯示消息
• 抑制R中一個命令的輸出

Answer 1

您應該要求maintainer("rhdf5")提供解決方案-減少打印消息的頻率，並使用標准的R警告-消息來自C代碼，並使用printf（）而不是Rf_warning()或Rf_ShowMessage()或Rprintf() / REprintf() 。

這是問題的例證

> library(inline)
> fun = cfunction(character(), 'printf("hello world\\n"); return R_NilValue;')
> fun()
hello world
NULL
> sink("/dev/null"); fun(); sink()
hello world
> 

和解決方案-使用Rf_warning()生成R警告。 該示例還說明了如何通過Rprintf()寫入R的輸出流，然后如何使用接收器捕獲輸出。

> fun = cfunction(character(), 'Rf_warning("hello world"); return R_NilValue;')
> x = fun()
Warning message:
In fun() : hello world
> x = suppressWarnings(fun())
> fun = cfunction(character(), 'Rprintf("hello world\\n"); return R_NilValue;')
> sink("/dev/null"); fun(); sink()
>

但是，這些都不能直接幫助您！

UPDATE維護人員更新了該包的“開發”分支（版本2.17.2）中的代碼。