為什么我可以使用 rhdf5 R package 從本地磁盤而不是外部磁盤打開 HDF5 文件？

[英]Why can I open HDF5 files from local disk but not external disk using the rhdf5 R package?

我遇到了一個問題，我使用 R package “偵探”來分析 RNAseq 數據。 然而，問題顯然取決於 rhdf5。 問題歸結為這個錯誤，我只在嘗試從我的外部 SSD 而不是從我的本地磁盤讀取 a.h5 文件時得到： 值得注意的是，.h5 文件最初專門存儲在外部 SSD 上，出於演示目的，我將其 ...

如何在沒有memory錯誤的情況下讀取R中的HDF5文件？

[英]How to read HDF5 files in R without the memory error?

目標讀取R中一個hdf5文件的data部分。 問題我正在使用rhdf5讀取 R 中的 hdf5 文件。在 75 個文件中，它成功讀取了 61 個文件。 但是對於文件的 rest，它會拋出一個關於 memory 的錯誤。 雖然，其中一些文件比已讀取的文件短。 我曾嘗試在全新的 R session 中 ...

將 HDF5 轉換為光柵格式的問題

[英]Issue Converting HDF5 into raster format

我正在嘗試將我的 h5 日常文件轉換為光柵格式。 我轉換成光柵格式。 當我提取我感興趣的領域時。 我無法從光柵圖像中提取我感興趣的區域請任何人指導我如何解決這個問題。 R 代碼和 hf5 文件以及轉換后的光柵圖像存在於鏈接中（附加）。 謝謝 https://drive.google.com/dr ...

用於列表列表的空間高效數據存儲。 元素是整數，所有列表的大小都不同

[英]Space efficient data store for list of list of lists. Elements are integers, and size of all lists varies in length

說我的數據看起來像這樣 存儲這段時間數據最節省空間的方式是什么？ 我查看了 Numpy 文件，但 numpy 只支持統一長度數據我查看了 Hdf5，它支持 1d 不規則張量，但不支持 2d https://stackoverflow.com/a/42659049/3259896 因此，可以選擇為t ...

使用 rhdf5 寫入數據的空字符串

[英]Empty strings writing data with rhdf5

我無法使用 rhdf5 使用低級 API 將字符串寫入 hdf5 文件中的組，特別是函數 H5F創建 H5G創建 H5Screate H5D創建 H5D寫 這是我的數據： 我希望這個向量 v 存在於一個名為“元數據”的 hdf5 組中。 在這里，我嘗試將此一維字符數組寫 ...

需要使用帶索引的循環讀取幾個.h5 文件

[英]Need to read several .h5 files using loop with indices

我收到了大量需要閱讀和繪制圖表的文件。 一些數據集比其他數據集有更多的文件。 所以我需要編寫一個循環來執行此操作。 到目前為止我編寫的代碼有效，但我無法終生弄清楚如何索引循環以調用文件。 我試過一個簡單的 我嘗試過其他版本，但我已經改變了太多，我不記得了。 但是當我在底部單獨加載文件時。 他們加載所 ...

如何修復 R 中的“gcc：錯誤：“/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a”：沒有這樣的文件或目錄

[英]How to fix 'gcc: error: “/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a”: No such file or directory' in R

我正在嘗試在 R 中安裝 minfi： 但是在編譯 HDF5Array 期間安裝停止，並出現以下錯誤： 我已經安裝了rhdf5和Rhdf5lib package 以及文件 R “看不到”實際上存在於它應該“搜索”的確切目錄中（/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/） 我 ...

在 R 中讀取 .h5 文件

[英]Reading .h5 file in R

我有一個“.h5”文件，想用 R 提取它。 我搜索並發現rhdf5的BiocManager用於此目的。 我試過了，但出現錯誤。 無論我使用 'h5ls' 還是 'h5read' 方法，我總是在下面收到相同的錯誤消息。 H5Fopen 中的錯誤（文件，“H5F_ACC_RDONLY”，本機 ...

無法寫入hdf5文件：H5Dcreate中的錯誤

[英]Can't write hdf5 file: Error in H5Dcreate

當我試圖寫一個dgcMatrix的30 000x80 000使用rhdf5在Rstudio ： 我收到錯誤消息： H5Dcreate中的錯誤（loc $ H5Identifier，數據集，tid，sid，dcpl = dcpl）：HDF5。 數據集。 無法初始化對象。 另 ...

一次讀取許多.h5文件

[英]Reading many .h5 files at once

我正在使用rhdf5庫。 我想一次讀取許多文件。 我在文件夾輸入中有.h5文件，然后就開始了： 它沒有顯示任何錯誤。 我執行它，什么也沒發生。 我也嘗試了lapply(filenames,h5read(filenames,name="/datasets/data1/data0") ...

R：使用rdhf5包從R讀取.h5文件時出錯

[英]R: error while reading .h5 files from R using rdhf5 package

我是hdf5文件的新手。 嘗試從下面的URL讀取一些示例文件。https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/ 在嘗試讀取R環境中的.h5文件之一時 library(rhdf5) h5ls("h5ex_d_so ...

從數據框中選擇數字對

[英]Selecting pairs of numbers from a dataframe

我有一個這樣的數據框： 我想選擇所有配對的行和列值，以便可以將它們插入函數中。 我正在嘗試此代碼： 這是按我的意願從df中插入我的所有row和col值，但是它正在做它們的所有可能組合，我只想插入適當的配對。 例如， row 1應永遠只能有一對1 ， 50和55作為對應的c ...

R日期來源，以秒為單位

[英]R date origin for time in seconds

從工作開始（UTC時間00：00h）開始，我每天都有一個以秒為單位的時間序列。 當我想繪制其他數據的時間序列時，我想將以秒為單位的時間序列轉換為日期。 所有數據均來自使用軟件包rhdf5讀取的hdf5文件 然后，我嘗試和as.POSIXct建立一個數據幀（以后與ggplot2一起使用 ...

如何在R中讀取多個文件並從中創建單個數據幀？

[英]How to read multiple files and create a single data frame from them in R?

目的 我的文件夾中有100個hdf5文件。 對於可重現的示例，我們僅考慮2個文件，即： 每個hdf5文件包含2組，即data和frame 。 我想從data組中提取2個對象。 這些稱為VDS_Veh_Speed和VDS_Chassis_CG_Position 。 同樣，在f ...

使用R獲取HDF5對象中對象的列名

[英]Get column names of objects inside HDF5 object with R

我已經創建了一個虛擬HDF5對象 現在，我只想檢索對象df_A和df_B列名，而不讀取整個文件rhd5file.h5 。 可能嗎？ 我嘗試了h5readAttributes()和h5ls() ，但是它們都不顯示列名而不讀取整個對象 要求的輸出： ...

如何使用字符串作為變量名保存hdf5文件中的變量？

[英]How do I save variables from hdf5 file using strings as variable names?

我有一個帶有多個變量的hdf5文件，我想自動將它們存儲在列表或矩陣中。 我可以通過鍵入來訪問文件中的任何變量 現在，我想使用循環將所有變量保存到內存中。 就像是 我試過了assign（），eval（），as.name（），它們都不起作用，但是我無法將它們保存到另一個變量 ...

如何避免打印/顯示消息

[英]How to avoid printing / showing messages

之前曾有人問過這個問題，但沒有一個答案對我有用。 我正在使用bioconductor.org中的rhdf5庫讀取HDF5文件：source（“ http://bioconductor.org/biocLite.R ”）; biocLite（ “rhdf5”）; 庫（rhdf5）; ...

我們如何使用RHDF5軟件包為HDF5文件中的數據集提供無限尺寸？

[英]How can we have unlimited dimensions for a dataset in HDF5 File using RHDF5 package?

盡管它似乎與已經存在的問題相似： 是否可以使用rhdf5-in-r在hdf5-文件中更新數據集維度，但它們並不完全相同。 在RHDF5文檔中，我們定義了使用h5createDataset（）（使用maxdims參數）創建數據集時，可以定義數據集可以具有的最大尺寸。 但是，如果我們事先不知 ...