我正在嘗試找到一種將 numpy 數組轉換為 hdf5 格式的方法

[英]I am trying to find a way to convert numpy array to hdf5 format

我正在嘗試轉換 Numpy arrays，它們是在 HDF5 格式中隨時間變化的二維網格，適用於多種情況，例如 Numpy 數組具有以下方面：案例編號 (0-100)、時間 (0-200 年)、X 網格點位置（0-100m），y 網格點位置（0-20m）加上該位置的實際數據點（例如飽和度范圍為 0- ...

在 Debian 上制作 hdf5-1.14.0：“ssize_t”的類型沖突

[英]Make hdf5-1.14.0 on Debian: conflicting types for ‘ssize_t’

我嘗試在虛擬機 Linux #1 SMP Debian 5.10.140-1 (2022-09-02) 上從源代碼構建 HDF5。 我遵循了基本說明： 配置步驟成功運行（在刪除導致錯誤的文件中不需要的換行符 \r 之后，如1中所述）但 make 命令返回以下錯誤： ...

Python：更改壞像素的顏色

[英]Python: Change color of bad pixels

我有一個包含衛星數據的 HDF 文件，繪制時看起來像下面的附件圖像。 它有很多壞像素（使用這個特定的顏色圖時它們會變成黑色）。 例如，如何將壞像素的顏色更改為白色？ 謝謝你。 HDF 文件鏈接： https://drive.google.com/file/d/1AYhvqxNlvlqQB7otn ...

Append HDF5 文件中的數據

[英]Append Data in HDF5 file

我想 append 新日期到我已經創建的 HDF5 文件，但我不知道如何 append 更多數據，我不知道附加的實際語法我已經創建了一個 HDF5 文件來將我的數據以 HDF 格式保存為with h5py.File(save_path+'PIC200829_256x256x256x3_fast_sj ...

在 Databricks 集群中使用 hdf 文件

[英]Working with hdf files in Databricks cluster

我正在嘗試在 Databricks 環境中創建一個 simple.hdf。 我可以在驅動程序上創建文件，但是當使用 rdd.map() 執行相同的代碼時，它會拋出以下異常。 我可以在 worker 上寫入相同的文件並將文件復制回 /dbfs/mnt。 但是，我一直在尋找一種方法，通過它我可以直接通過 ...

如何根據文件名中的日期合並h5數據numpy arrays？

[英]How to combine h5 data numpy arrays based on date in filename?

我有數百個 .h5 文件，文件名中有日期（例如 ..20221017...）。 對於每個文件，我都將一些參數提取到格式為 numpy 的數組中 代表感興趣的數據。 我想按月對數據進行分組，所以我沒有（例如）30 個 arrays 一個月，而是有 1 個數組代表 30 個 arrays 的平均值。我 ...

使用 Python 在 HSDS 服務器上創建一個新文件夾

[英]Create a new folder on HSDS server with Python

如何使用 Python 中的 h5pyd 模塊創建新文件夾？ 例如，我有域/home/user/並且我想創建一個文件夾/home/user/data1/ 。 從命令行我可以使用以下命令：hstouch /home/user/data1/ h5pyd 中的等價物是什么？ 有關我正在嘗試做的事情的簡 ...

h5 文件中的更改未反映在 xdmf 文件中

[英]Changes in h5 file arent refelcted in xdmf file

您好，我收到了一個 h5 文件，其中包含一個與之關聯的 xdmf 文件。 可視化看起來像這樣。 這里的顏色只是特征 ID。 我想在 h5 文件中添加一些數據，以便能夠在 paraview 中對其進行可視化。 新添加的數據不會出現在 paraview 中，盡管在使用hdfview時明顯存在。 我要添加 ...

無法在 Python 中使用 h5py 打開 .hdf 文件

[英]Unable to open .hdf file using h5py in Python

OSError：無法打開文件（未找到文件簽名） 我覺得問題出在 .hdf 文件上，因為我沒有 .h5 或 .hdf5 文件。 那么如何在 python 中打開 .hdf 呢？ ...

如何在 Mac 上完全編譯和安裝 mathGL？

[英]How to completely complie and install mathGL on Mac?

請讓我知道是否有任何方法可以讓 MathGL 在我的計算機上運行。 如果以下測試中有任何錯誤，請告訴我。 謝謝你。 好的，我已經為這個問題苦苦掙扎了很長時間。 當我嘗試從 C/Fortran 代碼中可視化我的結果時，會發生以下情況。基本信息是： 案例一：默認制作 這看起來像一個最小的安裝。 ...

無法使用 satpy 加載 HDF Modis 數據

[英]Could not load HDF Modis data with satpy

一個可能很愚蠢的問題。 我想用 python 加載 MODIS hdf 數據。數據集可在 Earthdata 獲得。 首先生成一個數據列表，它與 datetemp 相匹配。 現在我有 10 個文件的列表。 根據 Satpy 的介紹： 出現以下錯誤消息： 有任何想法嗎？ 謝謝。 ...

hdf5文件與hdf文件不同嗎？

[英]Is an hdf5 file different from an hdf file?

我有幾個 hdf 文件，但我不知道如何在 python 中打開它們。 當我嘗試通過 h5py.File(filename, 'r') 命令讀取它時，它導致了 OSError。 ...

pandas dataframe 與包含行 'nan' 的字符串索引在保存到 hd5 和從 hd5 讀取時被轉換為 NaN

[英]pandas dataframe with string index containing row 'nan' gets converted to NaN when saved to and read from hd5

我有一個帶有字符串索引的簡單 dataframe ： 它正確地將索引設置為字符串。 但是，當我將它保存到 hdf5 文件並再次讀取時，它以某種方式將索引條目“nan”更改為 NaN。 有沒有辦法避免這種轉換？ 在我的實際代碼中，索引是基於果蠅基因nan的，我不希望它被轉換。 ...

為什么我必須在析構函數中調用 MPI.Finalize() ？

[英]Why do I have to call MPI.Finalize() inside the destructor?

我目前正在嘗試了解 mpi4py。 我設置mpi4py.rc.initialize = False和mpi4py.rc.finalize = False因為我不明白我們為什么要自動初始化和完成。 默認行為是在導入 MPI 時調用MPI.Init() 。 我認為這樣做的原因是因為對於每個等級，pyt ...

Python 的 numpy 數組與 HDF 文件之間的雙精度數，無需進行不必要的轉換

[英]Python's numpy array of doubles to and from a HDF file without unnecessary conversions

我有一個 numpy 雙打數組。 np.array([double1, double2, double3, ... , doublen]) 所有數組的元素在 memory 中都是連續的。 我想使用 HDF 文件作為數據容器（保存/加載）。 保存實現為： hdf.create_dataset(nam ...

將 HDF 數據讀取到 3d 數組並在 python 中另存為數據幀

[英]Read a HDF data to a 3d array and save as a dataframe in python

我目前在做 NASA 氣溶膠光學深度數據（MCD19A2），這是 NASA 衛星三級產品。 我已經上傳了數據。 我想將數據保存為一個數據框，包括經度和緯度的所有信息以及值。 我已經成功將 0.47um 波段文件轉換為三維數組。 我想問一下如何將此數組轉換為正確的數據幀，包括 X、Y 和值。 以下是 ...

Pandas HDFStore 緩存

[英]Pandas HDFStore caching

我正在使用一個中等大小的數據集，其中包含大約 150 個 HDF 文件，每個文件 0.5GB。 有一個預定的進程使用store.append的pd.HDFStore更新這些文件。 我正在嘗試實現以下場景：對於 HDF 文件： 保持更新商店的進程運行 以只讀模式打開商店 運行一個 whil ...

如何檢索存儲字符串的 HDF5 數據集

[英]How can I retrieve HDF5 dataset that is storing strings

我正在使用下面的命令創建一個H5數據集，該數據集使用dtype作為S10存儲字符串數組。 create_dataset(dset_name, (0,) , dtype='S10', maxshape=None, chunks=True) 它將數據正確存儲在hdf5文件的組中。 我什至可以在HDF ...

使用 pandas 從谷歌雲存儲讀取 hdf 文件

[英]read hdf file from google cloud storage using pandas

問候編碼員和谷歌雲開發人員和專業人士。 我正在嘗試使用 pandas 提供的內置方法“pd.read_hdf()”從谷歌雲存儲中讀取 hdf 文件列表，其中文件名是這樣的（“client1.h”）。 我的問題是我總是得到這個錯誤： 在不同的論壇和網站深入搜索后，我意識到許多人遇到了同樣的問題，但沒有 ...

如何使用下面提供的代碼創建 R 循環？

[英]How can I create an R loop with the code provided below?

請，我需要幫助來創建一個循環，該循環將在包含 R 中的 483 個文件的 hdflist 上執行以下代碼中顯示的計算。 我添加了一個鏈接，其中包含兩個.hdf 文件和用於試用的 shapefile。 該代碼似乎適用於單個.hdf 文件，但我仍在為循環而苦苦掙扎。 謝謝 download files ...