geom_bar ggplot2堆積，分組條形圖，正負值 - 金字塔圖

Question

我甚至不知道如何描述我想要正確生成的情節，這不是一個好的開始。 我將首先向您展示我的數據，然后嘗試解釋/顯示具有該元素的圖像。

我的數據：

   strain condition count.up count.down
1    phbA  balanced      120       -102
2    phbA   limited      114       -319
3    phbB  balanced      122       -148
4    phbB   limited       97       -201
5   phbAB  balanced      268       -243
6   phbAB   limited      140       -189
7    phbC  balanced       55        -65
8    phbC   limited      104       -187
9    phaZ  balanced       99        -28
10   phaZ   limited      147       -205
11   bdhA  balanced      246       -159
12   bdhA   limited      143       -383
13  acsA2  balanced      491       -389
14  acsA2   limited      131       -295

我有七個樣本，每個樣本有兩個條件。 對於這些樣本中的每一個，我都有下調基因的數量，以及被上調的基因數量（count.down和count.up）。

我想繪制這個，以便每個樣本分組; 因此除了phbA限制之外，phbA平衡被躲過了。 每個條形圖將在圖的正面具有一部分（表示count.up＃），並且在圖的負面部分具有一部分（表示count.down＃）。

我希望“平衡”條件下的條形為一種顏色，而“有限”條件下的條形變為另一種顏色。 理想情況下，每種顏色會有兩個漸變（一個用於count.up，​​另一個用於count.down），只是為了在條形的兩個部分之間產生視覺差異。

一些圖像中包含我想要組合在一起的元素：

我也嘗試應用這個stackoverflow示例的一些部分，但我無法弄清楚如何使它適用於我的數據集。 我喜歡這里的pos v.neg酒吧; 一個覆蓋它們的單個條形圖，以及它的顏色區別。 這沒有一個樣本的條件分組，或者區分條件的顏色編碼額外層

我嘗試了很多東西，但我無法做到。 我認為我真的很掙扎，因為很多geom_bar示例使用計數數據，該圖計算自己，我給它直接計數數據。 我似乎無法在我的代碼中成功區分，當我轉移到stat= "identity"一切都變得混亂。 任何想法或建議將非常感謝！

使用建議的鏈接：所以我一直在玩這個作為模板，但我已經卡住了。

df <- read.csv("countdata.csv", header=T) 
df.m <- melt(df, id.vars = c("strain", "condition")) 
ggplot(df.m, aes(condition)) + geom_bar(subset = ,(variable == "count.up"),    aes(y = value, fill = strain), stat = "identity") + geom_bar(subset = ,(variable == "count.down"), aes(y = -value, fill = strain), stat = "identity") + xlab("") + scale_y_continuous("Export - Import",formatter = "comma") 

當我嘗試運行ggplot行時，它返回了一個錯誤：找不到函數“。”。 我意識到我沒有安裝/加載dplyr，所以我做到了。 然后我玩了很多，最后得出結論：

library(ggplot2)
library(reshape2)
library(dplyr)
library(plyr)

df <- read.csv("countdata.csv", header=T)
df.m <- melt(df, id.vars = c("strain", "condition"))

#this is what the df.m looks like now (if you look at my initial input df, I    just changed in the numbers in excel to all be positive). Included so you can see what the melt does
df.m =read.table(text = "
strain condition   variable value
1    phbA  balanced   count.up   120
2    phbA   limited   count.up   114
3    phbB  balanced   count.up   122
4    phbB   limited   count.up    97
5   phbAB  balanced   count.up   268
6   phbAB   limited   count.up   140
7    phbC  balanced   count.up    55
8    phbC   limited   count.up   104
9    phaZ  balanced   count.up    99
10   phaZ   limited   count.up   147
11   bdhA  balanced   count.up   246
12   bdhA   limited   count.up   143
13  acsA2  balanced   count.up   491
14  acsA2   limited   count.up   131
15   phbA  balanced count.down   102
16   phbA   limited count.down   319
17   phbB  balanced count.down   148
18   phbB   limited count.down   201
19  phbAB  balanced count.down   243
20  phbAB   limited count.down   189
21   phbC  balanced count.down    65
22   phbC   limited count.down   187
23   phaZ  balanced count.down    28
24   phaZ   limited count.down   205
25   bdhA  balanced count.down   159 
26   bdhA   limited count.down   383
27  acsA2  balanced count.down   389
28  acsA2   limited count.down   295", header = TRUE)

這兩個條件下的應變，count.up和count.down值

ggplot(df.m, aes(strain)) + geom_bar(subset = .(variable == "count.up"), aes(y = value, fill = condition), stat = "identity") + geom_bar(subset = .(variable == "count.down"), aes(y = -value, fill = condition), stat = "identity") + xlab("") 

#this adds a line break at zero
labels <- gsub("20([0-9]{2})M([0-9]{2})", "\\2\n\\1",
           df.m$strain)


#this adds a line break at zero to improve readability
last_plot() + geom_hline(yintercept = 0,colour = "grey90")

我不能工作的一件事（不幸的是）是如何在每個條形框內顯示代表“值”的數字。 我已經得到了要顯示的數字，但我無法將它們放在正確的位置。 我有點瘋了！

我的數據與上述相同; 這是我的代碼所在的位置

我看了很多例子，顯示了在躲閃圖上使用geom_text的標簽。 我一直無法成功實施。 我得到的最接近的如下 - 任何建議將不勝感激！

library(ggplot2)
library(reshape2)
library(plyr)
library(dplyr)
df <- read.csv("countdata.csv", header=T)
df.m <- melt(df, id.vars = c("strain", "condition"))
ggplot(df.m, aes(strain), ylim(-500:500)) + 
geom_bar(subset = .(variable == "count.up"), 
aes(y = value, fill = condition), stat = "identity", position = "dodge") +
geom_bar(subset = .(variable == "count.down"), 
aes(y = -value, fill = condition), stat = "identity", position = "dodge") + 
geom_hline(yintercept = 0,colour = "grey90")

last_plot() + geom_text(aes(strain, value, group=condition, label=label, ymax = 500, ymin= -500), position = position_dodge(width=0.9),size=4)

這給了這個：

你為什么不調整！

我懷疑我的問題與我實際繪制的方式有關，或者我沒有正確地告訴geom_text命令如何定位自己。 有什么想法嗎？

Answer 1

試試這個。 就像你用兩個語句（一個用於正數，一個用於負數）定位條形時，以相同的方式定位文本。 然后，使用vjust微調它們的位置（在欄內或欄外）。 此外，數據框中沒有'label'變量; 我認為，標簽是value 。

library(ggplot2)

## Using your df.m data frame
ggplot(df.m, aes(strain), ylim(-500:500)) + 
geom_bar(data = subset(df.m, variable == "count.up"), 
   aes(y = value, fill = condition), stat = "identity", position = "dodge") +
geom_bar(data = subset(df.m, variable == "count.down"), 
   aes(y = -value, fill = condition), stat = "identity", position = "dodge") + 
geom_hline(yintercept = 0,colour = "grey90")


last_plot() + 
   geom_text(data = subset(df.m, variable == "count.up"), 
      aes(strain, value, group=condition, label=value),
        position = position_dodge(width=0.9), vjust = 1.5, size=4) +
    geom_text(data = subset(df.m, variable == "count.down"), 
      aes(strain, -value, group=condition, label=value),
        position = position_dodge(width=0.9), vjust = -.5, size=4) +
    coord_cartesian(ylim = c(-500, 500))