Python-與rpy2集成和“必須是原子的”錯誤

Question

使用軟件包rpy2時出現錯誤

sort.int（x，na.last = na.last，減少=減少，...）中的錯誤：“ x”必須是原子回溯（最近一次調用為last）：文件“”，文件“ /”中的第1行usr / lib / python2.7 / dist-packages / rpy2 / robjects / functions.py“，行86，在調用返回super（SignatureTranslatedFunction，self）中。 調用 （* args，** kwargs）文件“ /usr/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py”，第35行， 調用 res = super（Function，self）。 調用 （* new_args，** new_kwargs）rpy2.rinterface.RRuntimeError：sort.int（x，na.last = na.last，減少=減少，...）中的錯誤：'x'必須是原子的

執行時

file.R_func.rdc([1,2,3,4,5],[1,3,4,5,6],20,1.67)

其中file.py的定義如下：

from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage

string = """
rdc <- function(x,y,k,s) {
x <- cbind(apply(as.matrix(x),2,function(u) ecdf(u)(u)),1)
y <- cbind(apply(as.matrix(y),2,function(u) ecdf(u)(u)),1)
wx <- matrix(rnorm(ncol(x)*k,0,s),ncol(x),k)
wy <- matrix(rnorm(ncol(y)*k,0,s),ncol(y),k)
cancor(cbind(cos(x%*%wx),sin(x%*%wx)), cbind(cos(y%*%wy),sin(y%*%wy)))$cor[1]
}

"""

R_func = SignatureTranslatedAnonymousPackage(string, "R_func")

如何將x和y傳遞給rdc（）？

Answer 1

做的時候

file.R_func.rdc([1,2,3,4,5],[1,3,4,5,6],20,1.67)

在將Python對象作為參數傳遞給基礎R函數之前，先執行隱式轉換。

默認情況下， [1,2,3,4,5] （Python list ）將轉換為R list並且R列表是“非原子向量”，這意味着列表中的每個元素都可以是任意元素通過反對“原子”類型（例如布爾值（R術語中的“邏輯”），整數，字符串等）來反對

嘗試：

from rpy2.robjects.vectors import IntVector, FloatVector
# FloatVector is imported as an alternative if you need/prefer floats

file.R_func.rdc(IntVector([1,2,3,4,5]),
                IntVector([1,3,4,5,6]),
                20,
                1.67)