從makefile激活Anaconda Python環境

Question

我想使用makefile來使用makefile和anaconda / miniconda構建我的項目環境，所以我應該能夠克隆repo並簡單地運行make myproject

myproject: build

build:
  @printf "\nBuilding Python Environment\n"
  @conda env create --quiet --force --file environment.yml
  @source /home/vagrant/miniconda/bin/activate myproject

但是，如果我嘗試這個，我會收到以下錯誤

make：source：找不到命令

make：*** [來源]錯誤127

我已經搜索了一個解決方案，但是[這個問題/答案（ 如何在Makefile中獲取腳本？ ）表明我不能在makefile中使用source 。

然而， 這個答案提出了一個解決方案（並收到了幾個贊成票），但這對我來說也不起作用

（\\
source / home / vagrant / miniconda / bin / activate myproject; \\

）

/ bin / sh：2：source：not found

make：*** [來源]錯誤127

我還嘗試將source activate步驟移動到單獨的bash腳本，並從makefile執行該腳本。 這不起作用，我假設出於類似的原因，即我在shell中運行source 。

我應該補充說，如果我從終端運行source activate myproject ，它可以正常工作。

Answer 1

我有類似的問題; 我想從Makefile創建或更新conda環境，以確保我自己的腳本可以使用來自該conda環境的python。
默認情況下，使用sh來執行命令，而sh不知道源 （也參見此SO答案 ）。 我只是將SHELL設置為bash並最終得到（僅限相關部分）：

SHELL=/bin/bash
CONDAROOT = /my/path/to/miniconda2
.
.
install: sometarget
        source $(CONDAROOT)/bin/activate && conda env create -p conda -f environment.yml && source deactivate

希望能幫助到你

Answer 2

你應該使用它，它現在對我有用。

report.ipynb : merged.ipynb
    ( bash -c "source ${HOME}/anaconda3/bin/activate py27; which -a python; \
        jupyter nbconvert \
        --to notebook \
        --ExecutePreprocessor.kernel_name=python2 \
        --ExecutePreprocessor.timeout=3000 \
        --execute merged.ipynb \
        --output=$< $<" )

Answer 3

我有同樣的問題。 基本上唯一的解決方案由9000聲明。我有一個安裝shell腳本，我在其中設置conda環境（源激活python2），然后我調用make命令。 我嘗試從Makefile內部設置環境，但沒有成功。

我在makefile中有這一行：

installpy :
   ./setuppython2.sh && python setup.py install

錯誤消息是：

make
./setuppython2.sh && python setup.py install
running install
error: can't create or remove files in install directory

The following error occurred while trying to add or remove files in the
installation directory:

    [Errno 13] Permission denied: '/usr/lib/python2.7/site-packages/test-easy-install-29183.write-test'

從本質上講，我能夠設置我的conda環境以使用我具有寫訪問權限的本地conda。 但制作過程並沒有提到這一點。 我不明白為什么在make進程中看不到使用'source'在我的shell腳本中設置的環境; source命令應該更改當前shell。 我只想分享這個，以便其他人不會浪費時間嘗試這樣做。 我知道autotoools有一種使用python的方法。 但制作計划在這方面可能有限。

我目前的解決方案是shell腳本：

cat py2make.sh

#!/bin/sh

# the prefix should be change to the target
# of installation or pwd of the build system
PREFIX=/some/path
CONDA_HOME=$PREFIX/anaconda3
PATH=$CONDA_HOME/bin:$PATH
unset PYTHONPATH
export PREFIX CONDA_HOME PATH
source activate python2
make

這似乎對我有用。

有類似情況的解決方案 ，但它似乎不適合我：

我修改過的Makefile段：

installpy :
   ( source activate python2; python setup.py install )

調用make后出現錯誤信息：

make
( source activate python2; python setup.py install )
/bin/sh: line 0: source: activate: file not found
make: *** [installpy] Error 1

不知道我哪里錯了。 如果有人有更好的解決方案，請分享。