从makefile激活Anaconda Python环境

Question

我想使用makefile来使用makefile和anaconda / miniconda构建我的项目环境，所以我应该能够克隆repo并简单地运行make myproject

myproject: build

build:
  @printf "\nBuilding Python Environment\n"
  @conda env create --quiet --force --file environment.yml
  @source /home/vagrant/miniconda/bin/activate myproject

但是，如果我尝试这个，我会收到以下错误

make：source：找不到命令

make：*** [来源]错误127

我已经搜索了一个解决方案，但是[这个问题/答案（ 如何在Makefile中获取脚本？ ）表明我不能在makefile中使用source 。

然而， 这个答案提出了一个解决方案（并收到了几个赞成票），但这对我来说也不起作用

（\\
source / home / vagrant / miniconda / bin / activate myproject; \\

）

/ bin / sh：2：source：not found

make：*** [来源]错误127

我还尝试将source activate步骤移动到单独的bash脚本，并从makefile执行该脚本。 这不起作用，我假设出于类似的原因，即我在shell中运行source 。

我应该补充说，如果我从终端运行source activate myproject ，它可以正常工作。

Answer 1

我有类似的问题; 我想从Makefile创建或更新conda环境，以确保我自己的脚本可以使用来自该conda环境的python。
默认情况下，使用sh来执行命令，而sh不知道源 （也参见此SO答案 ）。 我只是将SHELL设置为bash并最终得到（仅限相关部分）：

SHELL=/bin/bash
CONDAROOT = /my/path/to/miniconda2
.
.
install: sometarget
        source $(CONDAROOT)/bin/activate && conda env create -p conda -f environment.yml && source deactivate

希望能帮助到你

Answer 2

你应该使用它，它现在对我有用。

report.ipynb : merged.ipynb
    ( bash -c "source ${HOME}/anaconda3/bin/activate py27; which -a python; \
        jupyter nbconvert \
        --to notebook \
        --ExecutePreprocessor.kernel_name=python2 \
        --ExecutePreprocessor.timeout=3000 \
        --execute merged.ipynb \
        --output=$< $<" )

Answer 3

我有同样的问题。 基本上唯一的解决方案由9000声明。我有一个安装shell脚本，我在其中设置conda环境（源激活python2），然后我调用make命令。 我尝试从Makefile内部设置环境，但没有成功。

我在makefile中有这一行：

installpy :
   ./setuppython2.sh && python setup.py install

错误消息是：

make
./setuppython2.sh && python setup.py install
running install
error: can't create or remove files in install directory

The following error occurred while trying to add or remove files in the
installation directory:

    [Errno 13] Permission denied: '/usr/lib/python2.7/site-packages/test-easy-install-29183.write-test'

从本质上讲，我能够设置我的conda环境以使用我具有写访问权限的本地conda。 但制作过程并没有提到这一点。 我不明白为什么在make进程中看不到使用'source'在我的shell脚本中设置的环境; source命令应该更改当前shell。 我只想分享这个，以便其他人不会浪费时间尝试这样做。 我知道autotoools有一种使用python的方法。 但制作计划在这方面可能有限。

我目前的解决方案是shell脚本：

cat py2make.sh

#!/bin/sh

# the prefix should be change to the target
# of installation or pwd of the build system
PREFIX=/some/path
CONDA_HOME=$PREFIX/anaconda3
PATH=$CONDA_HOME/bin:$PATH
unset PYTHONPATH
export PREFIX CONDA_HOME PATH
source activate python2
make

这似乎对我有用。

有类似情况的解决方案 ，但它似乎不适合我：

我修改过的Makefile段：

installpy :
   ( source activate python2; python setup.py install )

调用make后出现错误信息：

make
( source activate python2; python setup.py install )
/bin/sh: line 0: source: activate: file not found
make: *** [installpy] Error 1

不知道我哪里错了。 如果有人有更好的解决方案，请分享。