如何使用PRcomp從PCA更改標簽到樣品名稱

Question

我試圖用樣本名稱而不是標准數字來標記PCA雙標圖。 我使用的代碼：

PRCOMP1 <- prcomp(~ Max + Min + Range + Average + P10 + P20 + 
P50 + P100 +  D10 + D20 + D50 + D100 + D500, 
data = turbidity, 
na.action = na.omit, 
scale = TRUE

biplot(PRCOMP1, cex = 0.8, choices=c(1,2))

這提供了下面的圖 - 我知道我可以在我的數據表中用標記為Sample的列來標記這些點。

還有一種簡單的方法可以改變箭頭的顏色嗎？ 任何幫助將非常感激。

Answer 1

您可以使用Sample列的值命名輸入數據的行：

row.names(turbidity) <- turbidity$Sample

然后，您的雙標圖上的點將標有其同源樣本名稱。

Answer 2

我試着舉個例子：

#creating an example data frame with 5 numeric and one character variables
mydata1 <- as.data.frame(matrix(rnorm(100, 0, 2), ncol = 5))
mydata1$sample <- c(sapply(1:20, function(i) paste("s", i, sep = "")))
#view of the df
 mydata1
       V1         V2           V3          V4          V5 sample
1   1.7398057 -0.8074246  0.009826488  0.58566480  3.88569625     s1
2  -1.3259889 -2.4359229 -1.258855445  2.65124987 -2.64137545     s2
3  -2.3961068 -0.3108402 -1.330362255 -0.35209302 -2.39282594     s3

這是一個20行乘6變量的數據幀

biplot(prcomp(mydata1[,-6]))

此語句將返回沒有樣本標簽的圖，只返回數字。

#naming rows of the df with the sample column value
row.names(mydata1) <- mydata1$sample
#viewing the df 
head(mydata1)
      V1         V2           V3         V4         V5 sample
s1  1.739806 -0.8074246  0.009826488  0.5856648  3.8856962     s1
s2 -1.325989 -2.4359229 -1.258855445  2.6512499 -2.6413755     s2
s3 -2.396107 -0.3108402 -1.330362255 -0.3520930 -2.3928259     s3
#plotting
biplot(prcomp(mydata1[,-6]))

后一個圖現在將使用其標簽呈現觀察結果。 如果這是您的想法，請告訴我。