如何創建一個循環來重復R中的隨機抽樣程序

Question

我在R中編寫了一些代碼，無需替換3個獨立的向量（list1，list2，list3）。 我從list1中抽樣10次，從列表2中抽樣20次，從列表3中抽樣30次。然后我將3個隨機抽樣列表組合起來，並檢查我對相同字符串抽樣了多少次2或3次。 我如何進行自動化，以便我可以100次采樣並獲得頻率計數分布？ 例如，我想看看我從三個列表中隨機抽樣相同字符串的頻率。 謝謝您的幫助。

所有輸入數據都是數千個字符串的列表，如下所示：

列表1：

     V1         
[1,] "EDA"
[2,] "MGN2"  
[3,] "5RSK"      
[4,] "NBLN"

我目前的代碼：

sample_list1 <-(sample(list1,10, replace=FALSE))
sample_list2 <-(sample(list2,20, replace=FALSE))
sample_list3 <-(sample(list3,20, replace=FALSE))

combined_randomgenes <- c(list1, list2, list3)
combined_counts <- as.data.frame(table(combined_randomgenes))

overlap_3_lists <- nrow(subset(combined_counts, Freq == 3))
overlap_2_lists <- nrow(subset(combined_counts, Freq == 2))

如果我的3個隨機樣本中只有1個字符串出現在所有3個隨機樣本中，那么我希望overlap_3_lists包含值1.我想自動化，以便我得到值的分布，以便我可以繪制直方圖到查看在所有3個列表中采樣的0,1,2,3等相同字符串的次數。

Answer 1

您也可以嘗試使用mapply() ，稍微更具可讀性，如下所示：

my_list <- list( A= 1:8, B= 1:8, C= 1:8)

my_list_sampled <- mapply(sample, size = c(5,5,3), my_list )
names(my_list_sampled) <- names(my_list)


result<- table(stack(my_list_sampled))

hist(result)

這將很好地總結數據，您可以根據觀察的數量進行分組。

result_all_3 <- (result == "3")

或者像這樣計算重疊

result <- data.frame(ifelse(result> 0, 1, 0))

result$overlap <- rowSums(result)

hist(result$overlap)

Answer 2

您需要在第三個樣本中更改20到30。 另外，你的combined_randomgenes需要引用sample_listx。 然后只需將for循環代碼放在它周圍並分配結果。 額外提示：警惕在腳本中使用subset並設置種子，以便您的工作可重現。

set.seed(1234)

list1 <- 1:60
list2 <- 1:60
list3 <- 1:60

n <- 100
runs <- data.frame(run=1:n,threes=NA,twos=NA)
for(i in 1:n) {
  sample_list1 <-(sample(list1,10, replace=FALSE))
  sample_list2 <-(sample(list2,20, replace=FALSE))
  sample_list3 <-(sample(list3,30, replace=FALSE))

  combined_randomgenes <- c(sample_list1, sample_list2, sample_list3)
  combined_counts <- as.data.frame(table(combined_randomgenes))

  runs$threes[i] <- sum(combined_counts$Freq==3)
  runs$twos[i] <- sum(combined_counts$Freq==2)
}

runs
hist(runs$threes,5)
hist(runs$twos,5)