R 包的全局安裝失敗

Question

我正在運行 cmd-line R（版本 3.3.1）沒有任何問題。 從 CRAN 或 GitHub（即為運行會話的用戶）本地安裝任何包都可以。

但是，為了全局安裝 pagkages，我使用：

$ sudo su -l -c "/usr/bin/R -e \"install.packages('package-name', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
/usr/bin/R: line 8: uname: command not found

啟動R會話后：

> install.packages('package-name',repos='https://cran.rstudio.com/')

在R會話中正確執行。

包組件已正確下載，最后一個下載完成后，我得到了 16 個相同的實例：

/usr/lib/R/bin/R: line 8: uname: command not found
/usr/lib/R/bin/R: line 143: exec: sh: not found

緊隨其后的是

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpqL1osU/downloaded_packages’
There were 16 warnings (use warnings() to see them)
> 
> 
sh: 1: rm: not found

我為devtools ， swirl ，...，我想為平台上的所有用戶安裝的所有軟件包都嘗試了這個。

從本地庫中的 CRAN 安裝，即對於給定用戶，沒有問題。 誰能建議我應該如何進行？ 謝謝。

Answer 1

好吧，當您使用 sudo 時，似乎/usr/bin不在您的$PATH （sudo 使用/etc/sudoers $PATH ， etc/profile未加載。）。

一種解決方法是使用su -然后執行安裝（應加載etc/profile ）。 另一種解決方案可能是將/usr/bin添加到 sudo 語句中的$PATH中。

Answer 2

我剛剛花了一個多小時試圖解決這個問題，所以我將交叉發布RStudio 的一個對我有用的解決方案（這篇文章在 Google 上更容易找到）。

我遇到了與reticulate無關的問題，所以我嘗試從一個干凈的石板開始。 從 Ubuntu 18 完全刪除 RStudio/r-base-core ，然后重新安裝后，我注意到了上面的問題：

/usr/lib/R/bin/R: line 8: uname: command not found
/usr/lib/R/bin/R: line 143: exec: sh: not found

問題

我有一個.Renviron文件位於我以前安裝的主目錄中。 它有GITHUB_PAT 、 GITHUB_USERNAME和一個PATH （到python）。 一旦我刪除了它，我就可以再次安裝軟件包。