如何安裝不在conda存儲庫中的R-packages？

Question

我正在使用Anaconda來管理我的R-installation。 它適用於Anaconda提供的R-channel中可用的軟件包，但我在安裝Anaconda repos中未包含的軟件包時遇到了麻煩。

我嘗試了幾種不同的方法，下面列出了它們的錯誤輸出。

1. install.packages('rafalib')

建議在這里工作conda - 如何安裝“R-essentials”中沒有的R包？ 。 我的.libPaths()指向'/home/user/anaconda2/lib/R/library' 。

日期：

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
  unsupported URL scheme
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Can't find a usable init.tcl in the following directories: 
    /opt/anaconda1anaconda2anaconda3/lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./library ./library ./tcl8.5.18/library ./tcl8.5.18/library

This probably means that Tcl wasn't installed properly.

我從conda通道r-old安裝了tcl ，但install.packages()仍然拋出相同的錯誤消息。

2. options(menu.graphics=FALSE)然后install.packages('rafalib')

我得到了一個鏡子列表並選擇了一個。

日期：

Selection: 15
trying URL 'http://cran.utstat.utoronto.ca/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/Rtmphwpta0/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

2和3都來自禁用/抑制tcltk彈出窗口，用於R中的CRAN鏡像選擇

3.在~/.Rprofile設置鏡像

在嘗試install.packages()之前，我將以下內容添加到~/.Rprofile 。

## Default repo
local({r <- getOption("repos");
       r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"; 
       options(repos=r)})

日期：

trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmppIz9rT/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

4.將下載方法設置為'curl'或'wget'。

同時保持新的~/.Rprofile configuration 。 我想這不是必要的，因為包現在似乎正在下載，但我測試它以防萬一。

日期：

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
  download of package ‘rafalib’ failed
Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  download had nonzero exit status

5.手動下載rafalib

install.packages('../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz', repos=NULL, type='source')

日期：

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning message:
In install.packages("../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz", repos = NULL,  :
  installation of package ‘../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz’ had non-zero exit status

6.從rafalib構建rafalib包

我為這個為conda構建R-packages的Errors打開了一個單獨的問題。 簡而言之，它抱怨我已經安裝了缺少的依賴項。 更新我得到了一個依賴性問題，我現在陷入了與我的其他方法相同的rl_signal_event_hook 。

7. sudo ln /usr/lib/libncursesw.so.6 /usr/lib/libncursesw.so.5

根據https://github.com/conda/conda/issues/1679 ，但它沒有為我解決問題。

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因此，我現在可以正常下載該軟件包，但安裝失敗。 我已經看到錯誤消息sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook以前在Jupyter Notebook使用R和irkernel ，但它從未阻礙我的工作。 通過anaconda運行python時，我從未見過與該錯誤消息有關的任何內容。

我沒有想法。 有誰知道如何安裝anaconda不提供的R-package，如rafalib或者swirl ？

我在Linux（Antergos，Arch衍生物）上使用內核4.4.5-1-ARCH。

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更新2016/04/15

這個帖子中有一些相關的討論 。 我試圖通過安裝不同版本的ncurses來解決這個錯誤，包括這個修補版本 ，我試圖鏈接readline庫， 如此處所示 ，但我一直遇到同樣的錯誤。 我在這一點上很失落，任何幫助解決這個問題都將非常感激。

Answer 1

關於管理和不在Anaconda R中的軟件包的詳細帖子： http ： //ihrke.github.io/conda.html

基本上是使用命令：

conda skeleton cran <package_name>
conda build <package_name>

如果包具有也不在Anaconda中的依賴項：

conda skeleton cran <dependency1>
conda skeleton cran <dependency2>
conda build <package_name>

基本上我同意這篇文章說我不明白install.packages()如何與Anaconda一起工作。 我似乎看到的是，Anaconda創建了一個R環境，其中保存了從install.packages()安裝的所有軟件包。

每當我使用R在Jupyter中工作時，我都使用這個環境，並且能夠訪問我使用install.packages()安裝的所有軟件包。

Answer 2

最后，我按照這里推薦的方法解決了rl_event_hook問題，並將anaconda的libreadline符號rl_event_hook問題：

mv ~/anaconda3/lib/libreadline.s.6.2 ~/anaconda3/lib/libreadline.s.6.2.bak
ln -s /usr/lib/libreadline.so.6.3 ~/anaconda3/lib/libreadline.s.6.2

我仍然在安裝一些依賴性很重的R-package時遇到麻煩，因為在使用帶有R的install.packages()時無法加載共享對象。但是，更簡單的包工作正常，我可以從anacondas R-獲得大多數依賴性重包庫。