如何安装不在conda存储库中的R-packages？

Question

我正在使用Anaconda来管理我的R-installation。 它适用于Anaconda提供的R-channel中可用的软件包，但我在安装Anaconda repos中未包含的软件包时遇到了麻烦。

我尝试了几种不同的方法，下面列出了它们的错误输出。

1. install.packages('rafalib')

建议在这里工作conda - 如何安装“R-essentials”中没有的R包？ 。 我的.libPaths()指向'/home/user/anaconda2/lib/R/library' 。

日期：

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
  unsupported URL scheme
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Can't find a usable init.tcl in the following directories: 
    /opt/anaconda1anaconda2anaconda3/lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./library ./library ./tcl8.5.18/library ./tcl8.5.18/library

This probably means that Tcl wasn't installed properly.

我从conda通道r-old安装了tcl ，但install.packages()仍然抛出相同的错误消息。

2. options(menu.graphics=FALSE)然后install.packages('rafalib')

我得到了一个镜子列表并选择了一个。

日期：

Selection: 15
trying URL 'http://cran.utstat.utoronto.ca/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/Rtmphwpta0/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

2和3都来自禁用/抑制tcltk弹出窗口，用于R中的CRAN镜像选择

3.在~/.Rprofile设置镜像

在尝试install.packages()之前，我将以下内容添加到~/.Rprofile 。

## Default repo
local({r <- getOption("repos");
       r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"; 
       options(repos=r)})

日期：

trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmppIz9rT/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

4.将下载方法设置为'curl'或'wget'。

同时保持新的~/.Rprofile configuration 。 我想这不是必要的，因为包现在似乎正在下载，但我测试它以防万一。

日期：

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
  download of package ‘rafalib’ failed
Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  download had nonzero exit status

5.手动下载rafalib

install.packages('../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz', repos=NULL, type='source')

日期：

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning message:
In install.packages("../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz", repos = NULL,  :
  installation of package ‘../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz’ had non-zero exit status

6.从rafalib构建rafalib包

我为这个为conda构建R-packages的Errors打开了一个单独的问题。 简而言之，它抱怨我已经安装了缺少的依赖项。 更新我得到了一个依赖性问题，我现在陷入了与我的其他方法相同的rl_signal_event_hook 。

7. sudo ln /usr/lib/libncursesw.so.6 /usr/lib/libncursesw.so.5

根据https://github.com/conda/conda/issues/1679 ，但它没有为我解决问题。

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因此，我现在可以正常下载该软件包，但安装失败。 我已经看到错误消息sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook以前在Jupyter Notebook使用R和irkernel ，但它从未阻碍我的工作。 通过anaconda运行python时，我从未见过与该错误消息有关的任何内容。

我没有想法。 有谁知道如何安装anaconda不提供的R-package，如rafalib或者swirl ？

我在Linux（Antergos，Arch衍生物）上使用内核4.4.5-1-ARCH。

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更新2016/04/15

这个帖子中有一些相关的讨论 。 我试图通过安装不同版本的ncurses来解决这个错误，包括这个修补版本 ，我试图链接readline库， 如此处所示 ，但我一直遇到同样的错误。 我在这一点上很失落，任何帮助解决这个问题都将非常感激。

Answer 1

关于管理和不在Anaconda R中的软件包的详细帖子： http ： //ihrke.github.io/conda.html

基本上是使用命令：

conda skeleton cran <package_name>
conda build <package_name>

如果包具有也不在Anaconda中的依赖项：

conda skeleton cran <dependency1>
conda skeleton cran <dependency2>
conda build <package_name>

基本上我同意这篇文章说我不明白install.packages()如何与Anaconda一起工作。 我似乎看到的是，Anaconda创建了一个R环境，其中保存了从install.packages()安装的所有软件包。

每当我使用R在Jupyter中工作时，我都使用这个环境，并且能够访问我使用install.packages()安装的所有软件包。

Answer 2

最后，我按照这里推荐的方法解决了rl_event_hook问题，并将anaconda的libreadline符号rl_event_hook问题：

mv ~/anaconda3/lib/libreadline.s.6.2 ~/anaconda3/lib/libreadline.s.6.2.bak
ln -s /usr/lib/libreadline.so.6.3 ~/anaconda3/lib/libreadline.s.6.2

我仍然在安装一些依赖性很重的R-package时遇到麻烦，因为在使用带有R的install.packages()时无法加载共享对象。但是，更简单的包工作正常，我可以从anacondas R-获得大多数依赖性重包库。