[英]python: read dna sequence text file to dictionary
我正在嘗試將包含DNA序列的文本文件轉換為python中的字典。 該文件在列中設置。
TTT F
TCT S
TAT Y
TGT C
TTC F
import os.path
if os.path.isfile("GeneticCode_2.txt"):
f = open('GeneticCode_2.txt', 'r')
my_dict = eval(f.read())
試圖使它達到:
my_dict = {TTT: F, TCT: S, TAT: Y}
您可以使用dict
構造函數,使用成對的迭代器(2元組),並將文件的分割行傳遞給它:
with open('GeneticCode_2.txt', 'r') as f:
my_dict = dict(line.split() for line in f)
# works only if file only contains lines that split into exactly 2 tokens
d = {}
with open("GeneticCode_2.txt") as infile:
for line in infile:
k,v = line.strip().split()
d[k] = v
這不是最緊湊的方法,但是它非常易讀。
my_dict = dict()
for line in f.readlines():
parts = line.strip().split()
if not len(parts) < 2:
my_dict[parts[0]] = parts[1]
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