[英]Creating function to translate DNA sequence through dictionary
我有一個這樣的密碼子表
codon = {'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',
'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',
'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',
'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',
'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',
'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',
'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',
'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'stop', 'TAG':'stop',
'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'stop', 'TGG':'W'}
我有一個具有不同序列的fasta文件
CAAAAGCAGGGGATAATTAAATCAACCAAAATGGAAGCAAAACTGCTCGTGTTATTTTGTGCCTTCACCG
CACTGAAAGCTGACACCATTTGTGTGGGCTACCATGCTAACAATTCCACAGACACTGTCGACACAATACT
AAAGCAGGGGATAATTAAATCAACCAAAATGGAAGCAAAACTGCTCGTGTTATTTTGTGCCTTCACCGCA
CTGAAAGCTGACACCATTTGTGTGGGCTACCATGCTAACAATTCCACAGACACTGTCGACACAATACTGG
我想解析文件,以便三個核苷酸輸出蛋白質。 例如,CAA應該輸出Q.這是我到目前為止所做的
fasta = open('Fasta.txt', 'r')
def readSeq(fasta):
for line in fasta:
if line.startswith('>'):
continue
line = line.strip()
print(line)
readSeq(fasta)
您應該考慮使用Python生成器功能實現自定義流。 更多細節在這里
這是示例代碼:
首先,您需要更改讀取seq函數,以便在此時生成一個3個鹼基對的塊
def readSeq(fasta):
for line in fasta:
if line.startswith('>'):
continue
line = line.strip()
chunks = [ line[i*3:i*3+3] for i in range(0, int(len(line)/3)) ]
yield from chunks
然后你可以迭代生成的流:
fasta = open('Fasta.txt', 'r')
stream = readSeq(fasta)
for seq in stream:
print (codon[seq])
你會得到這樣的輸出:
QKQGIIKSTKMEAKLLVLFCA FTH停止
聲明:本站的技術帖子網頁,遵循CC BY-SA 4.0協議,如果您需要轉載,請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.