如何在R中使用for循環

Question

我有一個CSV數據集（稱為data ），如下所示：

CLASS      CoverageT1      CoverageT2       CoverageT3
Gamma      90              80               75
Gamma      89              72               79
Gamma      92              86               75
Alpha      50              80               67
Alpha      53              78               60
Alpha      58              81               75

我想檢索唯一的類並計算每個coverage列的平均值。

到目前為止，我已經完成了以下工作：

classes <- subset(data, select = c(CLASS))
unique_classes <- unique(classes)

for(x in unique_classes){
  cove <- subset(data, CLASS == x , select=c(CoverageT1:CoverageT3))
  average <- colMeans(cove)
  print(cove)
}

結果，我得到以下結果：

   CoverageT1    CoverageT2    CoverageT3
1  90            80            75
3  92            86            75
4  50            80            67
6  58            81            75

我想根據每個類檢索coverage值，然后計算平均值。 當我打印檢索到的coverage值時，我得到了一些行，而其他行卻丟失了！

有人可以幫我解決這個問題嗎

謝謝

Answer 1

您的代碼無法正常工作，因為，除其他外，您要分配每次迭代的平均值，而之前的迭代會丟失

有幾種方法可以做您想做的事情。 這是我的方法：

library(dplyr) 

data %>% group_by(CLASS) %>% summarise_all(mean)

Answer 2

使用aggregate另一種選擇

aggregate(data, . ~ CLASS , mean)

Answer 3

接受您的想法並將其包裝到by 。

xy <- read.table(text = "CLASS      CoverageT1      CoverageT2       CoverageT3
Gamma      90              80               75
                 Gamma      89              72               79
                 Gamma      92              86               75
                 Alpha      50              80               67
                 Alpha      53              78               60
                 Alpha      58              81               75", header = TRUE)


out <- by(data = xy[, -1], INDICES = list(xy$CLASS), FUN = colMeans)
out <- do.call(rbind, out)
out

      CoverageT1 CoverageT2 CoverageT3
Alpha   53.66667   79.66667   67.33333
Gamma   90.33333   79.33333   76.33333

Answer 4

這是我解決的方法：

coverage_all <- aggregate(coverage , list(class=data$CLASS), mean)