如何按順序提取文本並將其用作bash腳本中的輸入

Question

我是新來的，還有bash腳本。 是否可以創建一個腳本來提取文本，以便用作另一個程序的輸入。
我的輸入文件（$ in_put）就是這種格式。 這些樣本是來自不同測序運行的雙端文件：
sample_1 ab
sample_2 cd
sample_3 ef
我嘗試使用的程序是Trimmomatic。 我嘗試了范圍，因為那是我知道的bash中唯一可以按順序運行的循環。 這是我所做的：
smpl_no=3
test_val=$(for (( b=1; b<=$smpl_no; b++)); do grep ple_$b $in_put | awk '{print $2, $3}'; done)
但是，在我用echo $test_val檢查的地方，它一起給了我abcdef 。 我想將成對的值提取為ab ， cd和de ，並將它們轉換為Trimmomatic的變量。

將來我也將有更多樣本作為輸入。 解決此問題的最佳方法是什么？

Answer 1

我沒有使用Trimmomatic，但是基於此doc頁面 ，我認為您需要將a到f每a作為單獨的參數列出，對嗎？

smpl_no=3
elems=()   # make an array
for(( b=0; b<$smpl_no; ++b)); do   # arrays start at 0

   read -r _ elem1 elem2 < <(grep ple_$b $in_put)
       # Get, e.g., "a" and "b" into $elem1 and $elem2
   elems+=("$elem1" "$elem2")
       # Save them in an array

done

java -jar trimmomatic-0.35.jar PE -phred33 "${elems[@]}" ILLUMINACLIP ... <whatever else>
    # each element as a separate parameter ^^^^^^^^^^^^^

如果只需要一對，則每個對可以具有"${elems[$idx]}"和"${elems[$idx + 1]}"對於idx = idx ...。

Answer 2

您可以通過一個read調用來填充更多var：

while read -r sample param1 param2; do
   echo "Sample ${sample}"
   echo "Calling Trimmomatic ${param1} ${param2}"
   trimmomatic "${param1}" "${param2}"
done < "${in_put}"