Bash：從fasta文件中刪除行

Question

我想知道從 bash 中的 fasta 文件中刪除一些行的最佳方法是什么。

在上面的例子中，假設我想刪除寫有“GUITH”的行，你如何刪除這一行和上面的行，直到找到其他的'>'字符？

fasta文件：

>B4KSI7_DROMO
RGLKRKPMALIKKLRKAKKEAPPNEKPEIVKTHLRNMIIVPEMTGSIIGVYNGKDFGQVE
VKPEMIGHYLGEFALTYKPVKH
>O46898_GUITH
RSLSKGPYIAAHLLKKLNNVDIQKPDVVIKTWSRSSTILPNMVGATIAVYNGKQHVPVYI
SDQMVGHKLGEFSPTRTFRSH
>Q7RT13_PLAYO
RGIDKKAKSLLKKLRKAKKECEVGEKPKPIPTHLRNMTIIPEMVGSIVAVHNGKQYTNVE
IKPEMIGYYLGEFSITYKHTRH

用 bash 過濾后的fasta文件：

>B4KSI7_DROMO
RGLKRKPMALIKKLRKAKKEAPPNEKPEIVKTHLRNMIIVPEMTGSIIGVYNGKDFGQVE
VKPEMIGHYLGEFALTYKPVKH
>Q7RT13_PLAYO
RGIDKKAKSLLKKLRKAKKECEVGEKPKPIPTHLRNMTIIPEMVGSIVAVHNGKQYTNVE
IKPEMIGYYLGEFSITYKHTRH

這個問題還有另一個版本，但更難操作。 假設您有一個包含物種名稱的文件：

species.txt ：

DROMO;
PLAYO;

並且您想刪除 fasta 文件中物種不存在於物種.txt 文檔中的行。 所以你得到與上面相同的輸出，但是由於其他一些文件（不直接輸入'GUITH' ），你得到了刪除的行。 這樣做的最佳方法是什么？

Answer 1

要刪除寫有“GUITH”的行：

sed 's/>/\n&/' fasta.txt | sed '/_GUITH/,/^$/d' | sed '/^$/d'

要刪除 fasta 文件中物種在物種.txt 中不存在的行：

使用 GNU sed 和 bash：

sed 's/>/\n&/' fasta.txt | sed -n -f <( sed 's/;$//;s|.*|/_&$/,/^$/p|' species.txt ) | sed '/^$/d'

輸出：

>B4KSI7_DROMO
RGLKRKPMALIKKLRKAKKEAPPNEKPEIVKTHLRNMIIVPEMTGSIIGVYNGKDFGQVE
VKPEMIGHYLGEFALTYKPVKH
>Q7RT13_PLAYO
RGIDKKAKSLLKKLRKAKKECEVGEKPKPIPTHLRNMTIIPEMVGSIVAVHNGKQYTNVE
IKPEMIGYYLGEFSITYKHTRH

Answer 2

在 awk 中：

$ awk '/^>/{p=1} /GUITH/{p=0} p' file
>B4KSI7_DROMO
RGLKRKPMALIKKLRKAKKEAPPNEKPEIVKTHLRNMIIVPEMTGSIIGVYNGKDFGQVE
VKPEMIGHYLGEFALTYKPVKH
>Q7RT13_PLAYO
RGIDKKAKSLLKKLRKAKKECEVGEKPKPIPTHLRNMTIIPEMVGSIVAVHNGKQYTNVE
IKPEMIGYYLGEFSITYKHTRH

解釋：

/^>/ { p=1 }    # turn print flag up for each record starting with >
/GUITH/ { p=0 } # turn print flag down for GUITH
p               # print if p

如果您想獲得批准的名稱列表：

$ cat list
DROMO
PLAYO
$ awk 'NR==FNR{a[$1];next} /^>/{n=split($0,b,"_"); p=(b[n] in a)} p' list file
>B4KSI7_DROMO
RGLKRKPMALIKKLRKAKKEAPPNEKPEIVKTHLRNMIIVPEMTGSIIGVYNGKDFGQVE
VKPEMIGHYLGEFALTYKPVKH
>Q7RT13_PLAYO
RGIDKKAKSLLKKLRKAKKECEVGEKPKPIPTHLRNMTIIPEMVGSIVAVHNGKQYTNVE
IKPEMIGYYLGEFSITYKHTRH

解釋：

NR==FNR { a[$1]; next }                   # read the list to array a
/^>/ { n=split($0,b,"_"); p=(b[n] in a) } # take the word after _ and if in a, enable print
p                                         # if p, print