使用 Graphviz 顯示此決策樹

Question

我正在關注關於使用 python v3.6 使用 scikit-learn 進行機器學習的決策樹的教程。

這是代碼；

import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import mglearn
import graphviz

from sklearn.datasets import load_breast_cancer
from sklearn.model_selection import train_test_split

from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier

cancer = load_breast_cancer()
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(cancer.data, cancer.target, stratify=cancer.target, random_state=42)
tree = DecisionTreeClassifier(random_state=0)
tree.fit(X_train, y_train)

tree = DecisionTreeClassifier(max_depth=4, random_state=0)
tree.fit(X_train, y_train)

from sklearn.tree import export_graphviz
export_graphviz(tree, out_file="tree.dot", class_names=["malignant", "benign"],feature_names=cancer.feature_names, impurity=False, filled=True)

import graphviz
with open("tree.dot") as f:
    dot_graph = f.read()
graphviz.Source(dot_graph)

如何使用 Graphviz 查看 dot_graph 內部的內容？ 據推測，它應該看起來像這樣；

Answer 1

在 jupyter notebook 中，以下繪制了決策樹：

from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier
from sklearn import tree


model = DecisionTreeClassifier()
model.fit(X, y)
dot_data = tree.export_graphviz(model, 
                  feature_names=feature_names,  
                  class_names=class_names,  
                  filled=True, rounded=True,  
                  special_characters=True,
                   out_file=None,
                           )
graph = graphviz.Source(dot_data)
graph

如果要將其保存為 png：

graph.format = "png"
graph.render("file_name")

Answer 2

graphviz.Source(dot_graph)返回一個graphviz.files.Source對象。

g = graphviz.Source(dot_graph)

使用g.render()創建圖像文件。 當我在沒有參數的情況下在您的代碼上運行它時，我得到了Source.gv.pdf但您可以指定不同的文件名。 還有一個快捷方式g.view() ，它保存文件並在適當的查看器應用程序中打開它。

如果您將代碼原樣粘貼在豐富的終端中（例如帶有內聯圖形的 Spyder/IPython 或 Jupyter 筆記本），它將自動顯示圖像而不是對象的 Python 表示。

Answer 3

您可以使用來自 IPython.display 的顯示。 這是一個例子：

from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier
from sklearn import tree

model = DecisionTreeClassifier()
model.fit(X, y)

from IPython.display import display
display(graphviz.Source(tree.export_graphviz(model)))

Answer 4

我在 Windows 10 中工作。我通過添加到“路徑”環境變量來解決這個問題。 我添加了錯誤的路徑，我添加了 Drive:\Users\User.Name\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\MyVirtualEnv\lib\site-packages\graphviz 應該使用 Drive:\Users\User.Name\AppData\最后我使用了 Local\Continuum\anaconda3\envs\MyVirtualEnv\Library\bin\graphviz，然后重新啟動了 python/anaconda。 還添加了 pydotplus 路徑，位於 ....MyVirtualEnv\lib\site-packages\pydotplus。

Answer 5

Jupyter 將按原樣顯示圖表，但如果您想放大更多，可以嘗試保存文件並進一步檢查：

# Draw graph
graph = pydotplus.graph_from_dot_data(dot_data)  

# Show graph
Image(graph.create_png())