在R中的矩陣中搜索對

Question

我對R很陌生，所以如果有人可以幫助我，我將不勝感激:)

我有一個很大的矩陣，例如： 矩陣和基因載體。 我的任務是逐行搜索矩陣，然后將包含突變的基因對（在矩陣上為D707H）與載體中包含的其余基因一起編譯，並將其添加到新矩陣中。 我試圖用循環做到這一點，但我不知道如何正確地編寫它。 對於這個矩陣，它看起來應該像這樣：

    PR.02.1431    
    NBN BRCA1
    NBN BRCA2
    NBN CHEK2
    NBN ELAC2
    NBN MSR1
    NBN PARP1
    NBN RNASEL

現在我有這樣的事情： 我的想法

“ a”是我的初始矩陣。

誰能指出我正確的方向？ :)

Answer 1

也許您想要/需要的是which(..., arr.ind = TRUE) 。

一些示例數據，以進行演示：

set.seed(2)
n <- 10
mtx <- array(NA, dim = c(n, n))
dimnames(mtx) <- list(letters[1:n], LETTERS[1:n])
mtx[sample(n*n, size = 4)] <- paste0("x", 1:4)
mtx
#   A  B    C  D  E  F    G    H  I  J 
# a NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# b NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# c NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# d NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# e NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# f NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# g NA "x4" NA NA NA "x3" NA   NA NA NA
# h NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# i NA "x1" NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# j NA NA   NA NA NA NA   "x2" NA NA NA

在您的情況下，您似乎想要的不是NA或NaN 。 您可以嘗試：

which(! is.na(mtx) & ! is.nan(mtx))
# [1] 17 19 57 70

但這在檢索行/列對時並不總是很直觀（我想是基因嗎？）。 請嘗試：

ind <- which(! is.na(mtx) & ! is.nan(mtx), arr.ind = TRUE)
ind
#   row col
# g   7   2
# i   9   2
# g   7   6
# j  10   7

如何使用：整數分別是行索引和列索引。 假設矩陣使用行名和列名，則可以使用以下方法檢索行名：

rownames(mtx)[ ind[,"row"] ]
# [1] "g" "i" "g" "j"

（精明的讀者可能會建議我改用rownames(ind) 。它確實可以工作！）對於colnames和"col" 。

有趣的是，即使ind本身就是一個矩陣，您也可以使用以下方法相當容易地對mtx進行子集化：

mtx[ind]
# [1] "x4" "x1" "x3" "x2"

將所有三個結合在一起，您可能可以使用：

data.frame(
  gene1 = rownames(mtx)[ ind[,"row"] ],
  gene2 = colnames(mtx)[ ind[,"col"] ],
  val = mtx[ind]
)
#   gene1 gene2 val
# 1     g     B  x4
# 2     i     B  x1
# 3     g     F  x3
# 4     j     G  x2

Answer 2

我知道我的老師在哪里，現在我有了矩陣。 分析您的代碼效果很好，但這並不是我想要的。 a，b，c，d等是生物，行名是基因（A，B，C，D等）。 我必須將其中一對（在同一列中）具有除NA值以外的其他基因配對。 例如，如果基因A在列a中的值為= 4，則我必須具有：

   gene1 gene2
a    A     B
a    A     C
a    A     D
a    A     E   

我以這種方式嘗試過，但是元素數量不匹配，我也不知道該如何解決。

ind= which(! is.na(a) & ! is.nan(a), arr.ind = TRUE)
ind1=which(macierz==1,arr.ind = TRUE)
ramka= data.frame(
  kolumna = rownames(a)[ ind[,"row"] ],
  gene1 = colnames(a)[ ind[,"col"] ],
  gene2 = colnames(a)[ind1[,"col"]],
  #val = macierz[ind]
)

您知道如何在R中執行此操作嗎？