在R中的矩阵中搜索对

Question

我对R很陌生，所以如果有人可以帮助我，我将不胜感激:)

我有一个很大的矩阵，例如： 矩阵和基因载体。 我的任务是逐行搜索矩阵，然后将包含突变的基因对（在矩阵上为D707H）与载体中包含的其余基因一起编译，并将其添加到新矩阵中。 我试图用循环做到这一点，但我不知道如何正确地编写它。 对于这个矩阵，它看起来应该像这样：

    PR.02.1431    
    NBN BRCA1
    NBN BRCA2
    NBN CHEK2
    NBN ELAC2
    NBN MSR1
    NBN PARP1
    NBN RNASEL

现在我有这样的事情： 我的想法

“ a”是我的初始矩阵。

谁能指出我正确的方向？ :)

Answer 1

也许您想要/需要的是which(..., arr.ind = TRUE) 。

一些示例数据，以进行演示：

set.seed(2)
n <- 10
mtx <- array(NA, dim = c(n, n))
dimnames(mtx) <- list(letters[1:n], LETTERS[1:n])
mtx[sample(n*n, size = 4)] <- paste0("x", 1:4)
mtx
#   A  B    C  D  E  F    G    H  I  J 
# a NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# b NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# c NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# d NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# e NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# f NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# g NA "x4" NA NA NA "x3" NA   NA NA NA
# h NA NA   NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# i NA "x1" NA NA NA NA   NA   NA NA NA
# j NA NA   NA NA NA NA   "x2" NA NA NA

在您的情况下，您似乎想要的不是NA或NaN 。 您可以尝试：

which(! is.na(mtx) & ! is.nan(mtx))
# [1] 17 19 57 70

但这在检索行/列对时并不总是很直观（我想是基因吗？）。 请尝试：

ind <- which(! is.na(mtx) & ! is.nan(mtx), arr.ind = TRUE)
ind
#   row col
# g   7   2
# i   9   2
# g   7   6
# j  10   7

如何使用：整数分别是行索引和列索引。 假设矩阵使用行名和列名，则可以使用以下方法检索行名：

rownames(mtx)[ ind[,"row"] ]
# [1] "g" "i" "g" "j"

（精明的读者可能会建议我改用rownames(ind) 。它确实可以工作！）对于colnames和"col" 。

有趣的是，即使ind本身就是一个矩阵，您也可以使用以下方法相当容易地对mtx进行子集化：

mtx[ind]
# [1] "x4" "x1" "x3" "x2"

将所有三个结合在一起，您可能可以使用：

data.frame(
  gene1 = rownames(mtx)[ ind[,"row"] ],
  gene2 = colnames(mtx)[ ind[,"col"] ],
  val = mtx[ind]
)
#   gene1 gene2 val
# 1     g     B  x4
# 2     i     B  x1
# 3     g     F  x3
# 4     j     G  x2

Answer 2

我知道我的老师在哪里，现在我有了矩阵。 分析您的代码效果很好，但这并不是我想要的。 a，b，c，d等是生物，行名是基因（A，B，C，D等）。 我必须将其中一对（在同一列中）具有除NA值以外的其他基因配对。 例如，如果基因A在列a中的值为= 4，则我必须具有：

   gene1 gene2
a    A     B
a    A     C
a    A     D
a    A     E   

我以这种方式尝试过，但是元素数量不匹配，我也不知道该如何解决。

ind= which(! is.na(a) & ! is.nan(a), arr.ind = TRUE)
ind1=which(macierz==1,arr.ind = TRUE)
ramka= data.frame(
  kolumna = rownames(a)[ ind[,"row"] ],
  gene1 = colnames(a)[ ind[,"col"] ],
  gene2 = colnames(a)[ind1[,"col"]],
  #val = macierz[ind]
)

您知道如何在R中执行此操作吗？