[英]Continuous gradient color & fixed scale heatmap ggplot2
我正在從Mathematica切換到R,但我發現可視化有些困難。
我正在嘗試按如下方式進行熱圖:
short
penetration scc pi0
1 0 0 0.002545268
2 5 0 -0.408621176
3 10 0 -0.929432006
4 15 0 -1.121309680
5 20 0 -1.587298317
6 25 0 -2.957853131
7 30 0 -5.123329738
8 0 50 1.199748327
9 5 50 0.788581883
10 10 50 0.267771053
11 15 50 0.075893379
12 20 50 -0.390095258
13 25 50 -1.760650073
14 30 50 -3.926126679
15 0 100 2.396951386
16 5 100 1.985784941
17 10 100 1.464974112
18 15 100 1.273096438
19 20 100 0.807107801
20 25 100 -0.563447014
21 30 100 -2.728923621
mycol <- c("navy", "blue", "cyan", "lightcyan", "yellow", "red", "red4")
ggplot(data = short, aes(x = penetration, y = scc)) +
geom_tile(aes(fill = pi0)) +
scale_fill_gradientn(colours = mycol)
我得到了這個:
但是我需要這樣的東西:
也就是說,我希望顏色在繪圖表面上連續(降級)而不是每個正方形的離散。 我在其他SO問題中看到有些人插入de數據,但我認為在ggplot調用中應該有一種更簡單的方法(默認情況下在Mathematica中完成)。
此外,我想鎖定色標,使得0總是白色(因此在暖色之間分離為正值,冷色之間為負值),並且顏色分布在各個圖中始終相同,與數據范圍無關(因為我將對幾個數據集使用相同的繪圖結構)
您可以將geom_raster
與interpolate=TRUE
:
ggplot(short , aes(x = penetration, y = scc)) +
geom_raster(aes(fill = pi0), interpolate=TRUE) +
scale_fill_gradient2(low="navy", mid="white", high="red",
midpoint=0, limits=range(short$pi0)) +
theme_classic()
要在所有繪圖中獲得與pi0
值相同的顏色映射,請將scale_fill_gradient2
的limits
參數設置為在每個繪圖中相同。 例如,如果您有三個名為short
, short2
和short3
數據框, short2
可以執行以下操作:
# Get range of `pi0` across all data frames
pi0.rng = range(lapply(list(short, short2, short3), function(s) s$pi0))
然后在所有繪圖中的scale_fill_gradient2
中設置limits=pi0.rng
。
我會調整你的scale_fill_gradient2
:
scale_fill_gradient2('pi0', low = "blue", mid = "white", high = "red", midpoint = 0)
使繪圖顏色直接可比,為每個繪圖添加一致的limits
:
scale_fill_gradient2('pi0', low = "blue", mid = "white", high = "red", midpoint = 0, limits=c('your lower limit','your upper limit'))
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