編織和繪制神經網絡

Question

我試圖繪制一些神經網絡輸出，但我沒有得到任何結果。 繪制正常的東西，如plot(iris)工作正常，但有一些關於neuralnetwork()對象似乎沒有以相同的方式繪制。

我的文件看起來像：

---
title: "stack"
author: "stack"
date: "today"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
---


```{r}
library(neuralnet)
AND <- c(rep(0,3),1)
binary.data <- data.frame(expand.grid(c(0,1), c(0,1)), AND)
net <- neuralnet(AND~Var1+Var2,  binary.data, hidden=0,err.fct="ce", linear.output=FALSE)
plot(net)
```

我沒有輸出。 同樣的文件繪制其他東西就好了。 有什么想法嗎？

Answer 1

之前已在rmarkdown存儲庫中報告並回答了此問題。 在這里，我只是想解釋為什么它不起作用的技術原因。

從幫助頁面?neuralnet::plot.nn ：

Usage

    ## S3 method for class 'nn'
    plot(x, rep = NULL, x.entry = NULL, x.out = NULL,
        ....


Arguments

  ...

  rep   repetition of the neural network. If rep="best", the repetition
        with the smallest error will be plotted. If not stated all repetitions
        will be plotted, each in a separate window.

從源代碼（v1.33）：

> neuralnet:::plot.nn
function (x, rep = NULL, x.entry = NULL, x.out = NULL, radius = 0.15, 
    .... 
{
    ....
    if (is.null(rep)) {
        for (i in 1:length(net$weights)) {
            ....
            grDevices::dev.new()
            plot.nn(net, rep = i, 
                    ....
        }
    }

我在上面使用....省略了irrelvant信息。 基本上如果你沒有指定rep ， neuralnet:::plot.nn將打開新的圖形設備來繪制圖。 這將打破knitr的圖形記錄，因為

1. 它打開了圖形設備，但沒有請求它們打開記錄（通過dev.control(displaylist = 'enable') ）;
2. knitr默認使用自己的設備來記錄圖形; 如果用戶打開新設備，則無法保證knitr可以保存新的圖表。 一般來說，我不鼓勵在繪制函數時操縱圖形設備。

我不是neuralnet包的作者，但我建議作者降dev.new()或者至少使其有條件的，如

if (interactive()) grDevices::dev.new()

我想dev.new()調用的意圖可能是在新窗口中顯示圖，但實際上並不能保證用戶可以看到窗口。 交互式 R會話的默認圖形設備是窗口/屏幕設備（如果可用，例如x11()或quartz() ），但很可能默認設備已被用戶或包作者更改。

我建議條件為interactive()因為對於非交互式R會話，打開新的（默認情況下， 屏幕外 ）設備可能沒什么意義。

Answer 2

我認為問題是對於類nn對象， plot使用參數rep 。 如果未定義rep ，則所有重復都繪制在單獨的窗口中（當在RMarkdown之外運行時）。 如果rep = "best" ，則僅生成具有最小誤差的圖。 所以這應該工作：

```{r}
library(neuralnet)
AND <- c(rep(0,3),1)
binary.data <- data.frame(expand.grid(c(0,1), c(0,1)), AND)
net <- neuralnet(AND~Var1+Var2,  binary.data, hidden=0,err.fct="ce", 
linear.output=FALSE)
plot(net, rep = "best")
```

見?plot.nn 。