查找重疊范圍和

Question

我有兩個數據幀，其中包含兩個在范圍內報告的變量：mzmin，mzmed，mzmax，rtmin，rtmed和rtmax。 存在：

table1 <- read.csv("table1.csv")

name        mzmed       mzmin       mzmax       rtmed   rtmin   rtmax
M1          202.1110    202.110859  202.111285  50.35   49.62   51.13
M2          373.144219  373.143792  373.154876  50.38   49.62   51.86
M3          371.14497   371.144256  371.145224  80.34   79.62   81.41
M4          372.147279  372.146992  372.147583  100.35  99.62   101.41

table2 <- read.csv("table2.csv")

name        mzmed       mzmin       mzmax       rtmed   rtmin   rtmax
M1          558.109976  558.102886  558.111497  10.89   9.95    11.95
M2          371.144564  371.144000  371.144999  80.29   79.14   81.98
M3          498.091821  498.091632  498.092225  658.15  656.57  660.96
M4          284.098785  284.098429  284.099092  760.32  758.67  761.2

在這種情況下，我想要將表1的M3和表2的M2寫入新表，因為mz范圍重疊 。

如果M2和M3的rt范圍小於100，則也僅將它們寫入新表將是有益的。 我認為IRanges將以某種方式得到最佳使用，但我並不樂觀。

任何幫助或建議，將不勝感激。

Answer 1

正如Uwe Block所評論的那樣，foverlaps起作用了。

table1 <- data.table(read.table(header = T, 
                   text = "name        mzmed       mzmin       mzmax       rtmed   rtmin   rtmax
M1          202.1110    202.110859  202.111285  50.35   49.62   51.13
                   M2          373.144219  373.143792  373.154876  50.38   49.62   51.86
                   M3          371.14497   371.144256  371.145224  80.34   79.62   81.41
                   M4          372.147279  372.146992  372.147583  100.35  99.62   101.41
"))

table2 <- data.table(read.table(header = T, 
                     text = "name        mzmed       mzmin       mzmax       rtmed   rtmin   rtmax
M1          558.109976  558.102886  558.111497  10.89   9.95    11.95
M2          371.144564  371.144000  371.144999  80.29   79.14   81.98
M3          498.091821  498.091632  498.092225  658.15  656.57  660.96
M4          284.098785  284.098429  284.099092  760.32  758.67  761.2
"))

setkey(table2, mzmin, mzmax)
out <- foverlaps(table1, table2, type="any",nomatch=0L)

> out
   name    mzmed   mzmin   mzmax rtmed rtmin rtmax i.name i.mzmed  i.mzmin  i.mzmax i.rtmed i.rtmin i.rtmax
1:   M2 371.1446 371.144 371.145 80.29 79.14 81.98     M3 371.145 371.1443 371.1452   80.34   79.62   81.41

如果您希望mz的范圍在rt的范圍內100，則可以使用以下代碼：

out[abs(mzmin-rtmax)<100 | abs(rtmin-mzmax)<100,]
Empty data.table (0 rows) of 14 cols: name,mzmed,mzmin,mzmax,rtmed,rtmin...