[英]R group by overlapping ranges
我有一個數據框,其中行包含范圍。 我想確定范圍組,其中每個范圍與組中至少一個其他行重疊超過 75%。 分組應作為索引變量添加到原始數據中。
示例數據如下:
df <- data.frame(label = c("A", "B", "C", "D", "E", "F"),
start = c(16, 18, 37, 62, 15, 45),
stop = c(22, 24, 55, 66, 23, 55))
生成的 df 應如下所示:
label start stop ID
"A" 6 22 1
"B" 6 24 1
"C" 37 55 2
"D" 62 66 3
"E" 15 23 1
"F" 45 55 2
首先,我嘗試了帶有mutate
和lag
的dplyr
選項,但是隨后分組取決於行的順序,並且不適用於所有情況。 接下來我嘗試了一個帶有seq_along
的 for 循環,但我無法解決問題。 希望你們中的一個可以...
overlap <- function(A, B) {
shared <- pmax(0, min(A[2], B[2]) - max(A[1], B[1]))
max(shared / c(diff(A), diff(B)))
}
eg <- expand.grid(a = seq_len(nrow(df)), b = seq_len(nrow(df)))
eg <- eg[eg$a < eg$b,]
together <- cbind(
setNames(df[eg$a,], paste0(names(df), "1")),
setNames(df[eg$b,], paste0(names(df), "2"))
)
together <- within(together, {
shared = pmax(0, pmin(stop1, stop2) - pmax(start1, start2))
overlap = pmax(shared / (stop1 - start1), shared / (stop2 - start2))
})[, c("label1", "label2", "overlap")]
bigenough <- together[together$overlap >= 0.75,]
groups <- split(bigenough$label2, bigenough$label1)
for (ltr in df$label) {
ind <- (ltr == names(groups)) | sapply(groups, `%in%`, x = ltr)
groups <- c(
setNames(list(unique(c(ltr, names(groups[ind]), unlist(groups[ind])))), ltr),
groups[!ind]
)
}
groups <- data.frame(
ID = rep(seq_along(groups), lengths(groups)),
label = unlist(groups)
)
結果:
merge(df, groups, by = "label")
# label start stop ID
# 1 A 16 22 2
# 2 B 18 24 2
# 3 C 37 55 1
# 4 D 62 66 3
# 5 E 15 23 2
# 6 F 45 55 1
您要求一種不使用for
循環的方法。 由於我們需要一個(循環的)迭代來處理前一次迭代的結果,所以lapply
對我們不起作用。 但是,我們可以使用Reduce
:
# groups <- split(...)
groups <- Reduce(function(grps, ltr) {
ind <- (ltr == names(grps)) | sapply(grps, `%in%`, x = ltr)
c(setNames(list(unique(c(ltr, names(grps[ind]), unlist(grps[ind])))), ltr),
grps[!ind])
}, df$label, init = groups)
# $F
# [1] "F" "C"
# $E
# [1] "E" "B" "A"
# $D
# [1] "D"
# groups <- data.frame(ID = ...)
# merge(df, groups, ...)
(然后最后一groups <- data.frame(..)
從上面調用)。 這同樣有效。 唯一的問題是Reduce
for
( https://github.com/wch/r-source/blob/d22ee2fc0dc8142b23eed9f46edf76ea9d3ca69a/src/library/base/R/funprog.ZE1E1D3D405-AF1283DEE6 )
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