R，GenomicRanges：找到重疊的基因組范圍的寬度

Question

給定兩個GenomicRanges，如：

library(GenomicRanges)

gr1 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("1","1","2","2"),
      start = c(10,50,10,50),
      end = c(20,60,20,60)
    )
  )

gr2 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("2","2","3","3"),
      start = c(15,40,10,50),
      end = c(25,55,20,60)
    )
  )

我需要找到重疊段的重疊大小（寬度）。 在我的情況下，這將是5（對於gr1 [3]和gr2 1 ）和5（對於gr [4]和gr2 [2]）。 這里在hit類上使用ranges()給出的解決方案與GenomicRanges類不匹配（似乎）：

mm <- findOverlaps(gr1,gr2)
ranges(mm,gr1,gr2)

.local（x，...）中的錯誤：“查詢”的長度范圍必須等於查詢數量

有人希望GenomicRanges::subsetByOverlaps()有一個參數，該參數實際上是切片並返回重疊。

更新（請參見下文）：解決方案位於軟件包本身GenomicRanges::intersect() ，因此：

width(intersect(gr1, gr2))

Answer 1

GenomicRanges包似乎對此具有特定功能， intersect() 。 因此，解決方案非常簡單：

width(intersect(gr1, gr2))

[1] 6 6

（哪個是對的）