R：將和弦圖以圖像作為標簽進行圓化？

Question

是否可以將圖像放置在circlize chordDiagram的標簽上？

例如，我將大洲的SVG輪廓手動放置在標簽上。 我想知道是否有一種編程的方式來實現這一目標。

這是一個入門示例，我希望能夠向其添加圖像標簽。 請注意， circlize網站上有一個示例似乎circlize我的要求 ：

但我無法將其與以下示例結合使用：

mat = matrix(sample(100, 25), 5)
rownames(mat) = letters[1:5]
colnames(mat) = letters[1:5]

library(circlize)
chordDiagram(mat, directional = TRUE, transparency = 0.5)

Answer 1

在您的示例中，您需要在圓的最外面創建一個空軌跡，然后再返回到該空軌跡以添加柵格圖像。

在下面的示例中， preAllocateTracks參數用於定義應放置多少空軌道。 有關此參數的更多說明，請參閱：http: //zuguang.de/circlize_book/book/advanced-usage-of-chorddiagram.html#organization-of-tracks

mat = matrix(sample(100, 25), 5)
rownames(mat) = letters[1:5]
colnames(mat) = letters[1:5]

library(circlize)

library(png)
tmp = tempfile()
download.file("https://www.google.de/images/branding/googlelogo/1x/googlelogo_color_272x92dp.png", tmp)
image = as.raster(readPNG(tmp))
ratio = ncol(image)/nrow(image)

chordDiagram(mat, directional = TRUE, transparency = 0.5,
    preAllocateTracks = 1)

circos.track(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
    xcenter = get.cell.meta.data("xcenter")
    ycenter = get.cell.meta.data("ycenter")

    pos = circlize:::polar2Cartesian(circlize(xcenter, ycenter))

    rasterImage(image, 
        xleft = pos[1, 1] - 0.05*ratio,
        ybottom = pos[1, 2] - 0.05,
        xright = pos[1, 1] + 0.05*ratio,
        ytop = pos[1, 2]+ 0.05)
}, bg.border = NA)

也可能但不容易旋轉圖像以使其面對圓心，因為rasterImage()具有angle參數，該參數允許旋轉圖像，但旋轉是相對於圖像的左下角，而不是相對於圖像的左下角圖像的中心。

編輯：我在軟件包（版本> = 0.4.1）中添加了一個新函數circos.raster() ，這使得添加柵格圖像更加容易。