用圓圈設置和弦圖的扇形寬度

Question

我有一個涉及100人的數據集，他們對5種醫療狀況進行了診斷。 條件的任何組合都可以發生，但是我已經設置好條件D的概率取決於條件A，而E取決於B。

set.seed(14)
numpeople <- 100
diagnoses <- data.frame(A=rbinom(100, 1, .15), 
                        B=rbinom(100, 1, .1),
                        C=rbinom(100, 1, .2)
                        )
# Probability of diagnosis for D increases by .4 if patient has A, otherwise .5
diagnoses$D <- sapply(diagnoses$A, function(x) rbinom(1, 1, .4*x+.2))
# Probability of diagnosis for E increases by .3 if patient has B, otherwise rare
diagnoses$E <- sapply(diagnoses$B, function(x) rbinom(1, 1, .7*x+.1))

為了創建一個同時出現的矩陣，其中每個單元格是在行和列中都有兩次診斷的人數，我使用矩陣代數：

diagnoses.dist <- t(as.matrix(diagnoses))%*%as.matrix(diagnoses)
diag(diagnoses.dist) <- 0
diagnoses.dist
> diagnoses.dist
   A B C  D E
A  0 1 1 11 3
B  1 0 0  1 7
C  1 0 0  5 4
D 11 1 5  0 4
E  3 7 4  4 0

然后，我想使用和弦圖來顯示每種診斷的共同診斷的比例。

circos.clear()
circos.par(gap.after=10)
chordDiagram(diagnoses.dist, symmetric=TRUE)

默認情況下，為每個組分配的扇區（餅圖片）大小與鏈接數成正比。

> colSums(diagnoses.dist) #Number of links related to each diagnosis
 A  B  C  D  E 
16  9 10 21 18 

是否可以設置扇區寬度來說明每次診斷的人數？

> colSums(diagnoses) #Number of people with each diagnosis
 A  B  C  D  E 
16  8 20 29 18 

這個問題似乎與circlize書的14.5節有關，但是我不確定如何對gap.after參數進行數學運算。

基於circlize書的第2.3節 ，我嘗試使用circos.initalize設置扇區大小，但我認為chordDiagram函數會覆蓋此大小，因為外部的比例完全相同。

circos.clear()
circos.par(gap.after=10)
circos.initialize(factors=names(diagnoses), x=colSums(diagnoses)/sum(diagnoses), xlim=c(0,1))
chordDiagram(diagnoses.dist, symmetric=TRUE)

我看到了許多在chordDiagram微調音軌的選項，但對於扇區卻沒有太多選擇。 有辦法嗎？

Answer 1

就您而言，類別中的人數有時可能小於其他類別的同時出現的總數。 例如，類別B總共有9個並發出現，但人數只有8。

如果這不是問題，則可以在矩陣圖上放置一些值，這些值對應於僅屬於一個類別的人數。 在下面的示例代碼中，我僅向圖中添加隨機數以說明該想法：

diagnoses.dist <- t(as.matrix(diagnoses))%*%as.matrix(diagnoses)
diag(diagnoses.dist) = sample(10, 5)

# since the matrix is symmetric, we set the uppper diagnal to zero.
# we don't use `symmetrix = TRUE` here because the values on the diagonal
# are still used.
diagnoses.dist[upper.tri(diagnoses.dist)] = 0

par(mfrow = c(1, 2))
# here you can remove `self.link = 1` to see the difference
chordDiagram(diagnoses.dist, grid.col = 2:6, self.link = 1)

# If you don't want to see the "mountains"
visible = matrix(TRUE, nrow = nrow(diagnoses.dist), ncol = ncol(diagnoses.dist))
diag(visible) = FALSE
chordDiagram(diagnoses.dist, grid.col = 2:6, self.link = 1, link.visible = visible)

PS： link.visible選項僅在最新版本的circlize中可用。