如何編譯同時使用 MPI 和 HDF5 的 C++ 文件？

Question

我正在創建 *.h5 文件，所以我一直在編譯：

h5c++ -o output myFile.cpp

但是，我添加了 MPI 以加速其中一節中的代碼。 同樣的編譯給了我一個未定義的參考錯誤。

undefined reference to `MPI_Init'

如何編譯代碼以便可以使用 MPI 和 HDF5？

Answer 1

您可以告訴 HDF5 包裝器使用 MPI 包裝器而不是您的 C++ 編譯器。 例如，如果您的 MPI 包裝器是mpiCC ，您可以簡單地

export HDF5_CXX=mpiCC
export HDF5_CLINKER=mpiCC

[此答案已被編輯]

Answer 2

mpicc和h5cc （以及它們的 C++ 對應物）都不是編譯器，而只是包裝器，它們只會在編譯器調用中添加一些標志。 這些標志通常包括鏈接庫和包含路徑。 您實際上可以檢查它們！

$ mpicc --showme    # OpenMPI
$ mpicc -show       # MPICH
$ h5cc  -show

所以你的問題的答案是：使用來自兩個包裝器的所有標志進行編譯器調用。

然而，通常你應該把它留給像 CMake 這樣的構建系統，它將組裝所有相關的編譯器標志。