install.packages 中的警告：package“igraph”的安裝具有非零退出狀態

Question

我想從 BioConductor 安裝 phyloseq。 當我這樣做並嘗試加載它時，我收到有關 igraph 的錯誤（即使我將依賴項設置為 TRUE）。 我試過獨立安裝 igraph，但也沒有用，退出狀態為非零。

我正在使用 RStudio

R 版本 3.4.0 (2017-04-21)
平台：x86_64-apple-darwin15.6.0（64 位）
運行於：OS X El Capitan 10.11.6

有人有建議嗎？ 錯誤粘貼在下面。

謝謝您的幫助！

這是我的命令：

install.packages("phyloseq", dependencies = TRUE)

這是警告：

install.packages 中的警告：

依賴項“igraph”不可用

在這里我嘗試加載我想要的 package： library("phyloseq")

這是警告：錯誤：

package 或loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]])中“phyloseq”的命名空間加載失敗。 沒有名為“igraph”的 package

這里我嘗試直接安裝igraph： install.packages("igraph", dependencies = TRUE)

這是編譯失敗：

錯誤：package 'graph' 的編譯失敗 install.packages 中的警告： installation of package 'igraph' had non-zero exit status

Answer 1

打開一個新終端並輸入：

xcode-select --install

Answer 2

我去了 igraph 的開發者頁面並將 package 下載到我的 r 庫文件夾中。 無論出於何種原因，r 在命令行上調用時都不會將 igraph 拉入庫文件夾，因此您必須手動執行此操作。 向我的教授大聲喊叫，他向我展示了如何做到這一點。