install.packages 中的警告：package“igraph”的安装具有非零退出状态

Question

我想从 BioConductor 安装 phyloseq。 当我这样做并尝试加载它时，我收到有关 igraph 的错误（即使我将依赖项设置为 TRUE）。 我试过独立安装 igraph，但也没有用，退出状态为非零。

我正在使用 RStudio

R 版本 3.4.0 (2017-04-21)
平台：x86_64-apple-darwin15.6.0（64 位）
运行于：OS X El Capitan 10.11.6

有人有建议吗？ 错误粘贴在下面。

谢谢您的帮助！

这是我的命令：

install.packages("phyloseq", dependencies = TRUE)

这是警告：

install.packages 中的警告：

依赖项“igraph”不可用

在这里我尝试加载我想要的 package： library("phyloseq")

这是警告：错误：

package 或loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]])中“phyloseq”的命名空间加载失败。 没有名为“igraph”的 package

这里我尝试直接安装igraph： install.packages("igraph", dependencies = TRUE)

这是编译失败：

错误：package 'graph' 的编译失败 install.packages 中的警告： installation of package 'igraph' had non-zero exit status

Answer 1

打开一个新终端并输入：

xcode-select --install

Answer 2

我去了 igraph 的开发者页面并将 package 下载到我的 r 库文件夹中。 无论出于何种原因，r 在命令行上调用时都不会将 igraph 拉入库文件夹，因此您必须手动执行此操作。 向我的教授大声喊叫，他向我展示了如何做到这一点。