將SLURM批處理命令行參數傳遞給R

Question

我正在嘗試使用可以在R腳本中讀取的各種參數來運行SLURM sbatch命令。 當使用PBS系統時，我曾經寫過qsub -v param1=x,param2=y （+其他系統參數，例如內存要求等和PBS要讀取的腳本名稱），然后在R腳本中用x = Sys.getenv('param1')讀取x = Sys.getenv('param1') 。

現在我嘗試

sbatch run.sh --export=basePath=‘a’

使用run.sh：

#!/bin/bash

cd $SLURM_SUBMIT_DIR
echo $PWD

module load R/common/3.3.3

R CMD BATCH --quiet --no-restore --no-save runDo.R output.txt

並運行：

base.path = Sys.getenv('basePath')

print(base.path)

腳本正在運行，但是參數值未分配給base.path變量（它輸出一個空字符串）。

Answer 1

必須將export參數傳遞給sbatch，而不是傳遞給run.sh腳本。

應該是這樣的：

sbatch --export=basePath=‘a’ run.sh